NanoPack: visualizing and processing long-read sequencing data.
NanoPack: visualizing and processing long-read sequencing data.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/bty149
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发表时间：
2018-08-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Van Broeckhoven C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
De Coster W;D'Hert S;Schultz DT;Cruts M;Van Broeckhoven C
在这里，我们描述了Nanopack，这是一套为可视化和处理来自牛津纳米孔技术公司和太平洋生物科学公司的长时间读取的测序数据而开发的工具。Nanopack工具是用Python3编写的，在GNU GPL3.0许可下发布。源代码可以在https://github.com/wdecoster/nanopack，上找到，还有指向单独脚本及其文档的链接。这些脚本与LINUX、MacOS和MS Windows10 for LINUX的子系统兼容，并以图形用户界面、http://nanoplot.bioinf.be上的Web服务和命令行工具的形式提供。补充数据可在生物信息学在线上获得。
Here we describe NanoPack, a set of tools developed for visualization and processing of long-read sequencing data from Oxford Nanopore Technologies and Pacific Biosciences. The NanoPack tools are written in Python3 and released under the GNU GPL3.0 License. The source code can be found at https://github.com/wdecoster/nanopack, together with links to separate scripts and their documentation. The scripts are compatible with Linux, Mac OS and the MS Windows 10 subsystem for Linux and are available as a graphical user interface, a web service at http://nanoplot.bioinf.be and command line tools. Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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Biopython：用于计算分子生物学和生物信息学的免费 Python 工具。
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp163
发表时间：
2009-06-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Cock PJ;Antao T;Chang JT;Chapman BA;Cox CJ;Dalke A;Friedberg I;Hamelryck T;Kauff F;Wilczynski B;de Hoon MJ
通讯作者：
de Hoon MJ
影响因子：
4.6
作者：
Giordano F;Aigrain L;Quail MA;Coupland P;Bonfield JK;Davies RM;Tischler G;Jackson DK;Keane TM;Li J;Yue JX;Liti G;Durbin R;Ning Z
通讯作者：
Ning Z
影响因子：
2.1
作者：
van der Walt, Stefan;Colbert, S. Chris;Varoquaux, Gael
通讯作者：
Varoquaux, Gael
影响因子：
--
作者：
Jain M;Tyson JR;Loose M;Ip CLC;Eccles DA;O'Grady J;Malla S;Leggett RM;Wallerman O;Jansen HJ;Zalunin V;Birney E;Brown BL;Snutch TP;Olsen HE;MinION Analysis and Reference Consortium
通讯作者：
MinION Analysis and Reference Consortium
DOI：
10.1093/bioinformatics/btu555
发表时间：
2014-12-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Loman NJ;Quinlan AR
通讯作者：
Quinlan AR