Removal of deaminated cytosines and detection of in vivo methylation in ancient DNA.
Removal of deaminated cytosines and detection of in vivo methylation in ancient DNA.
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DOI：
10.1093/nar/gkp1163
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发表时间：
2010-04
影响因子：
14.9
通讯作者：
Pääbo S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Briggs AW;Stenzel U;Meyer M;Krause J;Kircher M;Pääbo S
从古代生物体确定的DNA序列具有高错误率，主要是由于胞嘧啶脱氨基作用产生的尿嘧啶碱基。我们使用合成的寡核苷酸，以及从猛犸和尼安德特人遗骸中提取的DNA，表明用尿嘧啶-DNA-糖基化酶和核酸内切酶VIII处理可以从古老的DNA中去除尿嘧啶残基，并修复大部分产生的脱碱基位点，使DNA片段的未受损部分保持完整。用这种方法确定的尼安德特人DNA序列大大提高了准确性。此外，我们的研究结果表明，尼安德特人的DNA保留在体内的CpG甲基化模式，可能使未来的研究基因失活和印记在古代生物体。
DNA sequences determined from ancient organisms have high error rates, primarily due to uracil bases created by cytosine deamination. We use synthetic oligonucleotides, as well as DNA extracted from mammoth and Neandertal remains, to show that treatment with uracil–DNA–glycosylase and endonuclease VIII removes uracil residues from ancient DNA and repairs most of the resulting abasic sites, leaving undamaged parts of the DNA fragments intact. Neandertal DNA sequences determined with this protocol have greatly increased accuracy. In addition, our results demonstrate that Neandertal DNA retains in vivo patterns of CpG methylation, potentially allowing future studies of gene inactivation and imprinting in ancient organisms.
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影响因子：
11.4
作者：
Green, Richard E.;Briggs, Adrian W.;Krause, Johannes;Pruefer, Kay;Burbano, Hernan A.;Siebauer, Michael;Lachmann, Michael;Paeaebo, Svante
通讯作者：
Paeaebo, Svante
影响因子：
12.3
作者：
Kircher M;Stenzel U;Kelso J
通讯作者：
Kelso J
影响因子：
4.8
作者：
Jiang, DY;Hatahet, Z;Wallace, SS
通讯作者：
Wallace, SS
影响因子：
56.9
作者：
Noonan, James P.;Coop, Graham;Rubin, Edward M.
通讯作者：
Rubin, Edward M.
影响因子：
56.9
作者：
Gilbert, M. Thomas P.;Tomsho, Lynn P.;Schuster, Stephan C.
通讯作者：
Schuster, Stephan C.