A distribution-based method to resolve single-molecule Förster resonance energy transfer observations.
A distribution-based method to resolve single-molecule Förster resonance energy transfer observations.
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一种基于分布的方法来解决单分子福斯特共振能量转移观测。
DOI：
--
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发表时间：
2011
影响因子：
4.4
通讯作者：
J. Ralston
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
M. Backovic;E. S. Price;Carey K. Johnson;J. Ralston
我们引入了一种分析单分子福斯特共振能量转移 (FRET) 数据的新方法。该方法认识到传统集成方法假设的 FRET 效率对于单分子是无法观察到的。我们提出了一种方法来预测直接从数据获得的 FRET 参数的分布。使用贝叶斯方法精确定义给定数据的 FRET 速率分布，并增加从数据中得出的信息。基准比较发现，新方法的响应时间优于传统的平均方法。我们的方法不对基础 FRET 状态的数量或分布做出假设。新方法还产生超出 FRET 分析标准框架的关节参数分布信息。例如，FRET 平均值的运行分布比任何可想象的 FRET 效率的单一测量包含更多的信息。该方法根据模拟数据进行测试，然后应用于固定在脂质囊泡中的钙调蛋白分子的初步研究样本，揭示了多种动态状态的证据。
We introduce a new approach to analyze single-molecule Förster resonance energy transfer (FRET) data. The method recognizes that FRET efficiencies assumed by traditional ensemble methods are unobservable for single molecules. We propose instead a method to predict distributions of FRET parameters obtained directly from the data. Distributions of FRET rates, given the data, are precisely defined using Bayesian methods and increase the information derived from the data. Benchmark comparisons find that the response time of the new method outperforms traditional methods of averaging. Our approach makes no assumption about the number or distribution of underlying FRET states. The new method also yields information about joint parameter distributions going beyond the standard framework of FRET analysis. For example, the running distribution of FRET means contains more information than any conceivable single measure of FRET efficiency. The method is tested against simulated data and then applied to a pilot-study sample of calmodulin molecules immobilized in lipid vesicles, revealing evidence for multiple dynamical states.
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DOI：
10.1073/pnas.96.7.3670
发表时间：
1999-03-30
影响因子：
11.1
作者：
Deniz, AA;Dahan, M;Schultz, PG
通讯作者：
Schultz, PG
DOI：
10.1021/jp903671p
发表时间：
2009-08-06
期刊：
The journal of physical chemistry. B
影响因子：
--
作者：
Gopich IV;Szabo A
通讯作者：
Szabo A
钙调蛋白中亚毫秒域运动的单分子跟踪。
DOI：
10.1021/jp051666o
发表时间：
2005
期刊：
The journal of physical chemistry. B
影响因子：
--
作者：
Slaughter,BrianD;Bieber-Urbauer,RamonaJ;Johnson,CareyK
通讯作者：
Johnson,CareyK
影响因子：
3.4
作者：
Bronson, Jonathan E.;Fei, Jingyi;Wiggins, Chris H.
通讯作者：
Wiggins, Chris H.
单分子实验设计和解释的信息理论方法。
DOI：
10.1021/jp062192b
发表时间：
2006
期刊：
The journal of physical chemistry. A
影响因子：
--
作者：
Talaga,DavidS
通讯作者：
Talaga,DavidS