Analysis and characterization of the genes encoding the Dicer and Argonaute proteins of Schistosoma japonicum.
Analysis and characterization of the genes encoding the Dicer and Argonaute proteins of Schistosoma japonicum.
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DOI：
10.1186/1756-3305-3-90
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发表时间：
2010-09-17
影响因子：
3.2
通讯作者：
Pan W
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Luo R;Xue X;Wang Z;Sun J;Zou Y;Pan W
小 RNA 调控途径 (SRRP) 中的 Dicer 和 Argonaute (AGO) 蛋白在基因表达调控中发挥着不可或缺的作用。在这项研究中，我们通过生物信息学和实验方法相结合，分析了日本血吸虫的两个基因 Dicer 和 Argonaute 及其表达。我们的结果表明日本血吸虫中存在一个 Dicer 基因和四个 Argonaute 基因，分别称为 SjDicer 和 SjAGO1、2、3 和 4。 SjDicer 编码 2590 个氨基酸残基，包含 5 个保守结构域，包括 1 个氨基末端解旋酶结构域、1 个 PAZ (Piwi-Argonaut-Zwille) 结构域、2 个 RNAse III 结构域和 1 个 dsRNA 结合结构域。 SjAGO1、2和3分别编码1009、945和904个氨基酸残基，所有这些残基均含有PAZ和PIWI结构域。此外，我们还通过 qRT-PCR 分析了卵、毛蚴、尾蚴、血吸虫和成虫中 SjDicer 和 SjAGO1 基因的表达谱。结果显示SjDicer和SjAGO1在不同阶段的表达一致；然而，它们的表达水平具有阶段依赖性，在miracidium阶段最高。本研究提供了日本血吸虫 Dicer 和 Ago 基因的序列及其表达谱，这对于进一步研究日本血吸虫 miRNA 的功能至关重要。
The Dicer and Argonaute(AGO) proteins within the small RNA regulatory pathways (SRRPs) play an indispensable role in regulation of gene expression. In this study, we analyzed two genes, Dicer and Argonaute, from Schistosoma japonicum, along with their expression through a combination of bioinformatics and experimental approaches. Our results indicate that one Dicer and four Argonaute genes exist in Schistosoma japonicum, termed SjDicer and SjAGO1, 2, 3, and 4, respectively. SjDicer encodes 2590 amino acid residues that contains 5 conserved domains, including one amino-terminal helicase domain, one PAZ (Piwi-Argonaut-Zwille) domain, two RNAse III domains, and one dsRNA-binding domain. SjAGO1, 2, and 3 encode 1009, 945, and 904 amino acid residues, respectively, all of which contain PAZ and PIWI domains. In addition, we analyzed the expression profiles of SjDicer and SjAGO1 genes by qRT-PCR in eggs, miracidium, cercariae, schistosomula, and adult worms. Results showed consistent expression of both SjDicer and SjAGO1 in different stages; however, their expression levels were stage-dependent, with the highest being in the miracidium stage. This study provided the sequence of the Dicer and Ago genes of S. japonicum and their expression profiles which are essential for further investigation of functions of miRNA in Schistosoma japonicum.
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