Origins and evolution of extreme life span in Pacific Ocean rockfishes.
Origins and evolution of extreme life span in Pacific Ocean rockfishes.
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DOI：
10.1126/science.abg5332
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发表时间：
2021-11-12
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Sudmant PH
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kolora SRR;Owens GL;Vazquez JM;Stubbs A;Chatla K;Jainese C;Seeto K;McCrea M;Sandel MW;Vianna JA;Maslenikov K;Bachtrog D;Orr JW;Love M;Sudmant PH
太平洋岩鱼(岩鱼属)在寿命上表现出极大的差异，其中一些物种是现存最长寿的脊椎动物之一。我们重新组装了88种岩鱼的基因组，并从中识别出在长寿类群的DNA修复途径中的正选择重复特征，以及137个与长寿相关的基因，这些基因通过胰岛素信号影响寿命，并通过大小和环境适应产生多效性效应。全基因组结构变异筛查显示，在长寿物种中，免疫调节的丁咯菲林基因家族的拷贝数扩大。不同岩鱼生活史的进化与遗传多样性有关，并重塑了驱动长寿物种中分离的CpG和TPG变体的突变谱。这些分析突出了构成生活史特征适应的基因创新，以及它们是如何塑造基因组多样性的。88种岩鱼的基因组确定了长寿的遗传驱动因素，以及生活史适应如何重塑遗传多样性的模式。
Pacific Ocean rockfishes (genus Sebastes) exhibit extreme variation in lifespan with some species amongst the most long-lived extant vertebrates. We de-novo assembled the genomes of 88 rockfish species and from this identified repeated signatures of positive selection in DNA repair pathways in long-lived taxa and 137 longevity-associated genes with effects on lifespan through insulin signaling, and pleiotropic effects through size and environmental adaptations. A genome-wide screen of structural variation reveals copy number expansions in the immune modulatory butyrophilin gene family in long-lived species. The evolution of different rockfish life-histories is coupled to genetic diversity and reshapes the mutational spectrum driving segregating CpG->TpG variants in long-lived species. These analyses highlight the genetic innovations that underlie life-history trait adaptations and, in turn, how they shape genomic diversity. Genomes of 88 rockfish species identify the genetic drivers of longevity and how life-history adaptations can reshape patterns of genetic diversity.
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