Distinct polyadenylation landscapes of diverse human tissues revealed by a modified PA-seq strategy.
Distinct polyadenylation landscapes of diverse human tissues revealed by a modified PA-seq strategy.
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修改后的 PA-seq 策略揭示了不同人体组织的独特聚腺苷酸化景观
DOI：
10.1186/1471-2164-14-615
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发表时间：
2013-09-11
期刊：
影响因子：
4.4
通讯作者：
Zhu J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ni T;Yang Y;Hafez D;Yang W;Kiesewetter K;Wakabayashi Y;Ohler U;Peng W;Zhu J
背景多聚腺苷酸化是真核基因表达的关键调控步骤，也是转录组多样性的主要贡献者之一。结果为了更好地了解多聚腺苷的整体调控，我们建立了一种多聚腺苷测序方法(PA-seq)。通过对13个人类组织中的多聚腺苷酸化事件的分析，我们发现交替切割和多聚腺苷酸化(APA)在蛋白质编码和非编码基因中都普遍存在。此外，APA的使用，类似于基因表达谱，表现出组织特有的特征，足以确定组织来源。3‘非翻译区缩短指数(USI)被进一步发展为具有串联APA位点的基因。结果表明，不同的组织表现出不同的3‘非翻译区的缩短和/或延长的模式，这表明APA密切参与了组织或细胞特性的建立。结论本研究为揭示人类组织中受调控的多聚腺苷酸化事件及其潜在的调控机制提供了全面的资源。
BackgroundPolyadenylation is a key regulatory step in eukaryotic gene expression and one of the major contributors of transcriptome diversity. Aberrant polyadenylation often associates with expression defects and leads to human diseases.ResultsTo better understand global polyadenylation regulation, we have developed a polyadenylation sequencing (PA-seq) approach. By profiling polyadenylation events in 13 human tissues, we found that alternative cleavage and polyadenylation (APA) is prevalent in both protein-coding and noncoding genes. In addition, APA usage, similar to gene expression profiling, exhibits tissue-specific signatures and is sufficient for determining tissue origin. A 3′ untranslated region shortening index (USI) was further developed for genes with tandem APA sites. Strikingly, the results showed that different tissues exhibit distinct patterns of shortening and/or lengthening of 3′ untranslated regions, suggesting the intimate involvement of APA in establishing tissue or cell identity.ConclusionsThis study provides a comprehensive resource to uncover regulated polyadenylation events in human tissues and to characterize the underlying regulatory mechanism.
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