Conversion strategy using an expanded genetic alphabet to assay nucleic acids.
Conversion strategy using an expanded genetic alphabet to assay nucleic acids.
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DOI：
10.1021/ac400422r
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发表时间：
2013-05-07
影响因子：
7.4
通讯作者：
Benner, Steven A.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Yang, Zunyi;Durante, Michael;Glushakova, Lyudmyla G.;Sharma, Nidhi;Leal, Nicole A.;Bradley, Kevin M.;Chen, Fei;Benner, Steven A.
检测DNA和RNA（统称为xNA）的方法很容易受到噪声、假阳性和假阴性的困扰，特别是在越来越复杂的检测混合物中增加多路复用水平。我们描述了缓解这些问题的分析架构，这里通过将标准xNA分析物序列转换为包含非标准核苷酸（Z和P）的序列。Z和P是额外的DNA构建块，形成紧密的非标准碱基对，不与含有G， A， C和T的天然寡核苷酸（GACT）交叉结合。通过倒置标准Luminex xTAG®结构，将生物素放置在引物上（而不是三磷酸盐上）的分析来评估所得到的改进。该引物在靶标上延伸，形成标准的GACT延伸产物，该产物被附着在Luminex珠上的CTGA寡核苷酸捕获。利用转化，聚合酶在没有dCTP的情况下将dZTP与模板dG相结合。这就产生了一个含有Z的延伸产物，被含有P的头结合寡核苷酸捕获，它选择性地与Z结合。有转换的实验比没有转换的实验产生更高的信号，可能是因为Z:P对比C:G对更强。这些结构提高了Luminex仪器检测xNA分析物的能力，产生更高的信号，而不会与任何天然寡核苷酸竞争，即使在复杂的生物样品中也是如此。
Methods to detect DNA and RNA (collectively xNA) are easily plagued by noise, false positives, and false negatives, especially with increasing levels of multiplexing in increasing complex assay mixtures. We describe assay architectures that mitigate these problems, here by converting standard xNA analyte sequences into sequences that incorporate non-standard nucleotides (Z and P). Z and P are extra DNA building blocks that form tight non-standard base pairs without cross-binding to natural oligonucleotides containing G, A, C, and T (GACT). The resulting improvements are assessed in an assay that inverts the standard Luminex xTAG® architecture, placing a biotin on a primer (rather than on a triphosphate). This primer is extended on the target to create a standard GACT extension product that is captured by a CTGA oligonucleotide attached to a Luminex bead. Using conversion, a polymerase incorporates dZTP opposite template dG in the absence of dCTP. This creates a Z-containing extension product that is captured by a bead-bound oligonucleotide containing P, which binds selectively to Z. The assay with conversion produces higher signals than the assay without conversion, possibly because the Z:P pair is stronger than the C:G pair. These architectures improve the ability of the Luminex instruments to detect xNA analytes, producing higher signals without the possibility of competition from any natural oligonucleotides, even in complex biological samples.
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影响因子：
9.3
作者：
Milbury CA;Li J;Makrigiorgos GM
通讯作者：
Makrigiorgos GM
DOI：
10.1002/anie.201001977
发表时间：
2010-07-26
期刊：
Angewandte Chemie (International ed. in English)
影响因子：
--
作者：
Hoshika S;Chen F;Leal NA;Benner SA
通讯作者：
Benner SA
影响因子：
9.4
作者：
Elbeik, T;Surtihadi, J;Terrault, NA
通讯作者：
Terrault, NA
影响因子：
9.4
作者：
Trimoulet, P;Halfon, P;Fleury, H
通讯作者：
Fleury, H
DOI：
10.1016/j.cccn.2005.06.023
发表时间：
2006-01
期刊：
Clinica chimica acta; international journal of clinical chemistry
影响因子：
--
作者：
Dunbar SA
通讯作者：
Dunbar SA