Genome-Wide Identification, Molecular Evolution, and Expression Profiling Analysis of Pectin Methylesterase Inhibitor Genes in Brassica campestris ssp. chinensis.
Genome-Wide Identification, Molecular Evolution, and Expression Profiling Analysis of Pectin Methylesterase Inhibitor Genes in Brassica campestris ssp. chinensis.
复制标题
甘蓝果胶甲酯酶抑制剂基因的全基因组鉴定、分子进化和表达谱分析。
DOI：
10.3390/ijms19051338
复制
发表时间：
2018-05-02
影响因子：
5.6
通讯作者：
Cao J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Liu T;Yu H;Xiong X;Yue X;Yu Y;Huang L;Cao J
果胶甲酯酶抑制剂基因（PMEIs）是一个多基因大家族，在植物生长发育过程中对细胞壁的修饰起着重要作用。本文对叶菜类蔬菜芸苔PMEI基因家族进行了全面分析。我们鉴定了100个白菜PMEI基因（BcPMEI），其中96个不均匀分布在10条染色体上，9个串联阵列中包含20个BcPMEI基因，并检测了80对同线PMEI同源基因。这些结果表明，全基因组三倍体（WGT）和串联重复（TD）是目前BcPMEI数量的主要机制。在进化过程中，BcPMEIs被优先保留和有偏保留，分别符合基因平衡假说和两步进化理论。BcPMEIs的分子进化分析表明，BcPMEIs是通过纯化选择进化的，其分化时间与B的WGT数据一致。油菜为了获得BcPMEIs的功能信息，在五种组织中的表达模式和分布在启动子区域的顺式元件进行了研究。本研究为进一步了解B中PMEIs的分子进化和生物学功能提供了理论依据。油菜
Pectin methylesterase inhibitor genes (PMEIs) are a large multigene family and play crucial roles in cell wall modifications in plant growth and development. Here, a comprehensive analysis of the PMEI gene family in Brassica campestris, an important leaf vegetable, was performed. We identified 100 Brassica campestris PMEI genes (BcPMEIs), among which 96 BcPMEIs were unevenly distributed on 10 chromosomes and nine tandem arrays containing 20 BcPMEIs were found. We also detected 80 pairs of syntenic PMEI orthologs. These findings indicated that whole-genome triplication (WGT) and tandem duplication (TD) were the main mechanisms accounting for the current number of BcPMEIs. In evolution, BcPMEIs were retained preferentially and biasedly, consistent with the gene balance hypothesis and two-step theory, respectively. The molecular evolution analysis of BcPMEIs manifested that they evolved through purifying selection and the divergence time is in accordance with the WGT data of B. campestris. To obtain the functional information of BcPMEIs, the expression patterns in five tissues and the cis-elements distributed in promoter regions were investigated. This work can provide a better understanding of the molecular evolution and biological function of PMEIs in B. campestris.
登录
查看更多内容
Plant-mPLoc：增强植物蛋白亚细胞定位预测能力的自上而下策略
影响因子：
3.7
作者：
Chou KC;Shen HB
通讯作者：
Shen HB
影响因子：
5.6
作者：
He Y;Liu X;Ye L;Pan C;Chen L;Zou T;Lu G
通讯作者：
Lu G
影响因子：
6.5
作者：
Hong Phuong Nguyen;Jeong, Ho Young;Lee, Chanhui
通讯作者：
Lee, Chanhui
模因套件：用于发现和搜索的工具。
影响因子：
14.9
作者：
Bailey TL;Boden M;Buske FA;Frith M;Grant CE;Clementi L;Ren J;Li WW;Noble WS
通讯作者：
Noble WS
影响因子：
11.6
作者：
Cheng, Feng;Mandakova, Terezie;Wang, Xiaowu
通讯作者：
Wang, Xiaowu