Interactive Analysis for Large Volume Data from Fluorescence Microscopy at Cellular Precision.
Interactive Analysis for Large Volume Data from Fluorescence Microscopy at Cellular Precision.
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DOI：
10.1016/j.cag.2021.05.006
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发表时间：
2021-08
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Hansen C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wan Y;Holman HA;Hansen C
了解荧光显微镜数据的主要目标是调查和评估荧光信号强度分布及其跨多个通道的空间关系。3D荧光显微镜数据的定量分析需要交互工具，供研究人员选择和关注相关的生物结构。我们开发了一个基于体可视化技术和GPU计算的交互式工具，以简化快速数据分析。我们的主要贡献是在流卷上实现了常见的数据量化功能，提供了对大数据的交互分析，而无需进行冗长的预处理。数据分割和量化与刷单相结合，并以交互速度执行。大容量被划分为数据块，并且只分析用户选择的结构以约束计算负载。我们设计了一个框架来组装一系列的GPU程序来处理砖块边界和拼接分析结果。我们的工具是与领域专家合作开发的，已用于识别细胞类型。我们展示了一种分析转基因小鼠前庭上皮细胞的工作流程。
The main objective for understanding fluorescence microscopy data is to investigate and evaluate the fluorescent signal intensity distributions as well as their spatial relationships across multiple channels. The quantitative analysis of 3D fluorescence microscopy data needs interactive tools for researchers to select and focus on relevant biological structures. We developed an interactive tool based on volume visualization techniques and GPU computing for streamlining rapid data analysis. Our main contribution is the implementation of common data quantification functions on streamed volumes, providing interactive analyses on large data without lengthy preprocessing. Data segmentation and quantification are coupled with brushing and executed at an interactive speed. A large volume is partitioned into data bricks, and only user-selected structures are analyzed to constrain the computational load. We designed a framework to assemble a sequence of GPU programs to handle brick borders and stitch analysis results. Our tool was developed in collaboration with domain experts and has been used to identify cell types. We demonstrate a workflow to analyze cells in vestibular epithelia of transgenic mice.
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DOI：
10.1109/ldav.2013.6675157
发表时间：
2013-10
期刊：
Proceedings. IEEE Symposium on Large-Scale Data Analysis and Visualization
影响因子：
--
作者：
Fogal T;Schiewe A;Krüger J
通讯作者：
Krüger J
DOI：
10.1109/tvcg.2010.168
发表时间：
2010-11-01
影响因子：
5.2
作者：
Jeong, Won-Ki;Schneider, Jens;Pfister, Hanspeter
通讯作者：
Pfister, Hanspeter
DOI：
10.1109/tpami.1983.4767367
发表时间：
1983-01-01
影响因子：
23.6
作者：
MARTIN, WN;AGGARWAL, JK
通讯作者：
AGGARWAL, JK
影响因子：
3.5
作者：
Agus, Marco;Bettio, Fabio;Pintore, Giovanni
通讯作者：
Pintore, Giovanni
DOI：
10.1109/tvcg.2010.195
发表时间：
2010-11-01
影响因子：
5.2
作者：
Lindholm, Stefan;Ljung, Patric;Ynnerman, Anders
通讯作者：
Ynnerman, Anders