Identification and Quantitation of Coding Variants and Isoforms of Pulmonary Surfactant Protein A.
Identification and Quantitation of Coding Variants and Isoforms of Pulmonary Surfactant Protein A.
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DOI：
10.1021/pr500307f
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发表时间：
2014-08-01
影响因子：
4.4
通讯作者：
Foster, W. Michael
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Foster, Matthew W.;Thompson, J. Will;Ledford, Julie G.;Dubois, Laura G.;Hollingsworth, John W.;Francisco, Dave;Tanyaratsrisakul, Sasipa;Voelker, Dennis R.;Kraft, Monica;Moseley, M. Arthur;Foster, W. Michael
肺表面活性物质蛋白A（SP-A）是肺表面活性物质A1和SP-A2的异源寡聚体，是肺天然免疫的重要调节因子。SP-A的非同义单核苷酸变异与呼吸系统疾病有关，但SP-A蛋白在人气道中的表达谱尚未研究。在这里，我们使用平行的胰蛋白酶和Glu-C消化，然后进行LC-MS/MS，以获得常见的SP-A变体和亚型决定肽的序列覆盖率。我们进一步开发了一种基于SDS-PAGE的多反应监测（GeLC-MRM）测定法，用于从少至1毫升的支气管肺泡灌洗液中富集和靶向定量总SP-A、SP-A2亚型以及SP-A的Gln 223和Lys 223变体。该试验鉴定了在SP-A2的223位具有三种基因型的个体：纯合主要（Gln 223/Gln 223）、纯合次要（Lys 223/Lys 223）或杂合（Gln 223/Lys 223）。更一般地说，我们的研究表明，在区分高度同源，共纯化蛋白质异构体的MS固有的挑战，并显示MRM质谱法的非同义单核苷酸变异体和其他蛋白质的识别和定量的适用性在气道衬里液。
Pulmonary surfactant protein A (SP-A), a heterooligomer of SP-A1 and SP-A2, is an important regulator of innate immunity of the lung. Nonsynonymous single nucleotide variants of SP-A have been linked to respiratory diseases, but the expressed repertoire of SP-A protein in human airway has not been investigated. Here, we used parallel trypsin and Glu-C digestion, followed by LC–MS/MS, to obtain sequence coverage of common SP-A variants and isoform-determining peptides. We further developed a SDS-PAGE-based, multiple reaction monitoring (GeLC-MRM) assay for enrichment and targeted quantitation of total SP-A, the SP-A2 isoform, and the Gln223 and Lys223 variants of SP-A, from as little as one milliliter of bronchoalveolar lavage fluid. This assay identified individuals with the three genotypes at the 223 position of SP-A2: homozygous major (Gln223/Gln223), homozygous minor (Lys223/Lys223), or heterozygous (Gln223/Lys223). More generally, our studies demonstrate the challenges inherent in distinguishing highly homologous, copurifying protein isoforms by MS and show the applicability of MRM mass spectrometry for identification and quantitation of nonsynonymous single nucleotide variants and other proteoforms in airway lining fluid.
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通过选择反应监测质谱法估计未标记样品的绝对蛋白质含量。
DOI：
10.1074/mcp.m111.013987
发表时间：
2012-03
期刊：
Molecular & cellular proteomics : MCP
影响因子：
--
作者：
Ludwig C;Claassen M;Schmidt A;Aebersold R
通讯作者：
Aebersold R
影响因子：
4.4
作者：
Foster MW;Thompson JW;Que LG;Yang IV;Schwartz DA;Moseley MA;Marshall HE
通讯作者：
Marshall HE
DOI：
10.1165/ajrcmb.15.4.8879183
发表时间：
1996-10-01
影响因子：
6.4
作者：
Floros, J;DiAngelo, S;Deiter, G
通讯作者：
Deiter, G
DOI：
10.1152/ajplung.1998.275.4.l679
发表时间：
1998-10-01
影响因子：
4.9
作者：
Borron, P;McCormack, FX;Fraher, LJ
通讯作者：
Fraher, LJ
影响因子：
4.8
作者：
Maitra, Meenakshi;Wang, Yongyu;Garcia, Christine Kim
通讯作者：
Garcia, Christine Kim