miRWalk: An online resource for prediction of microRNA binding sites.
miRWalk: An online resource for prediction of microRNA binding sites.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0206239
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发表时间：
2018
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Gretz N
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Sticht C;De La Torre C;Parveen A;Gretz N
miRWalk 是一个开源平台，提供直观的界面，可生成人类、小鼠、大鼠、狗和牛已知基因的预测和验证的 miRNA 结合位点。 miRWalk 的核心是 miRNA 靶位点预测，使用基于随机森林的方法软件 TarPmiR 搜索完整的转录本序列，包括 5'-UTR、CDS 和 3'-UTR。此外，它将其他数据库的结果与预测和验证的 miRNA-靶标相互作用相集成。重点是模块化设计和可扩展性以及快速更新周期。该数据库可使用 Python、MySQL 和 HTML/Javascript 数据库 URL：http://mirwalk.umm.uni-heidelberg.de。
miRWalk is an open-source platform providing an intuitive interface that generates predicted and validated miRNA-binding sites of known genes of human, mouse, rat, dog and cow. The core of miRWalk is the miRNA target site prediction with the random-forest-based approach software TarPmiR searching the complete transcript sequence including the 5’-UTR, CDS and 3’-UTR. Moreover, it integrates results other databases with predicted and validated miRNA-target interactions. The focus is set on a modular design and extensibility as well as a fast update cycle. The database is available using Python, MySQL and HTML/Javascript Database URL: http://mirwalk.umm.uni-heidelberg.de.
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影响因子：
--
作者：
Griffiths-Jones, Sam
通讯作者：
Griffiths-Jones, Sam
DOI：
10.1093/bioinformatics/btw318
发表时间：
2016-09-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Ding J;Li X;Hu H
通讯作者：
Hu H
影响因子：
14.9
作者：
Chou CH;Shrestha S;Yang CD;Chang NW;Lin YL;Liao KW;Huang WC;Sun TH;Tu SJ;Lee WH;Chiew MY;Tai CS;Wei TY;Tsai TR;Huang HT;Wang CY;Wu HY;Ho SY;Chen PR;Chuang CH;Hsieh PJ;Wu YS;Chen WL;Li MJ;Wu YC;Huang XY;Ng FL;Buddhakosai W;Huang PC;Lan KC;Huang CY;Weng SL;Cheng YN;Liang C;Hsu WL;Huang HD
通讯作者：
Huang HD
影响因子：
48
作者：
Huang, Jim C.;Babak, Tomas;Morris, Quaid D.
通讯作者：
Morris, Quaid D.
影响因子：
4.6
作者：
Bandyopadhyay S;Ghosh D;Mitra R;Zhao Z
通讯作者：
Zhao Z