Transcription-dependent dynamic supercoiling is a short-range genomic force.
Transcription-dependent dynamic supercoiling is a short-range genomic force.
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转录依赖性动态超串联是一种短距离基因组力。
DOI：
10.1038/nsmb.2517
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发表时间：
2013-03
影响因子：
16.8
通讯作者：
Levens, David
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kouzine, Fedor;Gupta, Ashutosh;Baranello, Laura;Wojtowicz, Damian;Ben-Aissa, Khadija;Liu, Juhong;Przytycka, Teresa M.;Levens, David
转录具有机械地改变DNA拓扑结构、DNA结构和核小体排列的能力。由于正在进行的转录，这些修饰反过来可以为转录机制提供即时反馈。为了证实转录和DNA动力学之间的联系，我们绘制了人类伯基特淋巴瘤细胞中转录依赖性动态超螺旋的ENCODE图，使用peptide光结合来探测体内DNA拓扑结构。动态超螺旋在活性基因起始位点上游约1.5 kb处扩展。低和高输出启动子处理这种扭转应力不同，如所示使用抑制剂的转录和拓扑异构酶，并通过染色质免疫沉淀的RNA聚合酶和拓扑异构酶I和II。尽管较低的输出由拓扑异构酶I充分管理，但高输出启动子另外需要拓扑异构酶II。转录和DNA拓扑结构之间的全基因组耦合强调了动态超螺旋对基因调控的重要性。
Transcription has the capacity to modify mechanically DNA topology, DNA structure, and nucleosome arrangement. Resulting from ongoing transcription, these modifications in turn, may provide instant feedback to the transcription machinery. To substantiate the connection between transcription and DNA dynamics, we charted an ENCODE map of transcription-dependent dynamic supercoiling in human Burkitt lymphoma cells using psoralen photobinding to probe DNA topology in vivo. Dynamic supercoils spread ~1.5 kb upstream of the start sites of active genes. Low and high output promoters handle this torsional stress differently as shown using inhibitors of transcription and topoisomerases, and by chromatin immunoprecipation of RNA polymerase and topoisomerases I and II. Whereas lower outputs are managed adequately by topoisomerase I, high output promoters additionally require topoisomerase II. The genome-wide coupling between transcription and DNA topology emphasizes the importance of dynamic supercoiling for gene regulation.
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影响因子：
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作者：
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Levens, David
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