Site-Mutation of Hydrophobic Core Residues Synchronically Poise Super Interleukin 2 for Signaling: Identifying Distant Structural Effects through Affordable Computations.
Site-Mutation of Hydrophobic Core Residues Synchronically Poise Super Interleukin 2 for Signaling: Identifying Distant Structural Effects through Affordable Computations.
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疏水性核心残基的位点突变同步平衡超级白细胞介素 2 的信号传导：通过经济实惠的计算识别远程结构效应。
DOI：
10.3390/ijms19030916
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发表时间：
2018-03-20
影响因子：
5.6
通讯作者：
Cui Y
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Mei L;Zhou Y;Zhu L;Liu C;Wu Z;Wang F;Hao G;Yu D;Yuan H;Cui Y
从酵母展示技术开发的具有远离结合界面的六个位点突变的白细胞介素-2的超级因子变体先前已被表征为经历远端结构改变，这是其超强力的原因，并提供了一个优雅的案例研究，以了解如何利用变构效应来实现所需的蛋白质功能。通过使用各种计算方法检查动态网络和与这些突变残基相关的变构途径，我们发现纳秒时间尺度的全原子分子动力学模拟可以识别动态网络作为有效的系综算法。六个核心残基的分化途径形成了一个动态网络，勾勒出结构改变的区域。这些结果为在基于知识的突变中利用可负担的计算能力预测突变体的变构结构提供了可能。
A superkine variant of interleukin-2 with six site mutations away from the binding interface developed from the yeast display technique has been previously characterized as undergoing a distal structure alteration which is responsible for its super-potency and provides an elegant case study with which to get insight about how to utilize allosteric effect to achieve desirable protein functions. By examining the dynamic network and the allosteric pathways related to those mutated residues using various computational approaches, we found that nanosecond time scale all-atom molecular dynamics simulations can identify the dynamic network as efficient as an ensemble algorithm. The differentiated pathways for the six core residues form a dynamic network that outlines the area of structure alteration. The results offer potentials of using affordable computing power to predict allosteric structure of mutants in knowledge-based mutagenesis.
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DOI：
10.1016/j.str.2009.06.008
发表时间：
2009-08-12
期刊：
Structure (London, England : 1993)
影响因子：
--
作者：
del Sol A;Tsai CJ;Ma B;Nussinov R
通讯作者：
Nussinov R
影响因子：
--
作者：
Bowerman S;Wereszczynski J
通讯作者：
Wereszczynski J
DOI：
10.1073/pnas.0409128102
发表时间：
2005-01-25
影响因子：
11.1
作者：
Estabrook, RA;Luo, J;Reich, NO
通讯作者：
Reich, NO
影响因子：
64.8
作者：
Lindorff-Larsen, K;Best, RB;Vendruscolo, M
通讯作者：
Vendruscolo, M
DOI：
10.1073/pnas.0610313104
发表时间：
2007-06-05
影响因子：
11.1
作者：
Cavalli, Andrea;Salvatella, Xavier;Vendruscolo, Michele
通讯作者：
Vendruscolo, Michele