Phylogenomic characterization and signs of microevolution in the 2022 multi-country outbreak of monkeypox virus.
Phylogenomic characterization and signs of microevolution in the 2022 multi-country outbreak of monkeypox virus.
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DOI：
10.1038/s41591-022-01907-y
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发表时间：
2022-08
期刊：
影响因子：
82.9
通讯作者：
Gomes, Joao Paulo
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Isidro, Joana;Borges, Vitor;Pinto, Miguel;Sobral, Daniel;Santos, Joao Dourado;Nunes, Alexandra;Mixao, Veronica;Ferreira, Rita;Santos, Daniela;Duarte, Silvia;Vieira, Luis;Borrego, Maria Jose;Nuncio, Sofia;de Carvalho, Isabel Lopes;Pelerito, Ana;Cordeiro, Rita;Gomes, Joao Paulo
到目前为止，在非流行性国家中描述的最大规模猴痘病毒（MPXV）爆发于2022年5月（参考文献10）。).在这项研究中，鸟枪宏基因组学允许第一次MPXV爆发基因组序列的快速重建和快速基因组表征，表明该MPXV属于进化枝3，并且爆发很可能具有单一起源。尽管2022 MPXV（谱系B.1）与2018-2019年与一个流行国家有关的病例聚类，但它在一个不同的系统发育分支中分离，可能反映了持续加速的进化。深入的突变分析表明宿主APOBEC 3在病毒进化中的作用，以及MPXV人类适应正在进行的微进化的迹象。我们的研究结果还表明，基因组测序可能提供解决方案，以跟踪这种可能是缓慢进化的双链DNA病毒的传播和传播。对2022年多国猴痘病毒爆发的第一批序列的分析显示，与2018-2019年爆发的猴痘病毒具有相关性和实质性差异，这表明病毒的快速进化可能对人际传播产生影响。
The largest monkeypox virus (MPXV) outbreak described so far in non-endemic countries was identified in May 2022 (refs. ). In this study, shotgun metagenomics allowed the rapid reconstruction and phylogenomic characterization of the first MPXV outbreak genome sequences, showing that this MPXV belongs to clade 3 and that the outbreak most likely has a single origin. Although 2022 MPXV (lineage B.1) clustered with 2018–2019 cases linked to an endemic country, it segregates in a divergent phylogenetic branch, likely reflecting continuous accelerated evolution. An in-depth mutational analysis suggests the action of host APOBEC3 in viral evolution as well as signs of potential MPXV human adaptation in ongoing microevolution. Our findings also indicate that genome sequencing may provide resolution to track the spread and transmission of this presumably slow-evolving double-stranded DNA virus. Analysis of the first sequences from the 2022 multi-country outbreak of monkeypox virus shows relatedness and substantial divergence from a 2018–2019 outbreak, suggesting rapid virus evolution with possible implications for human-to-human transmission.
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DOI：
10.2807/1560-7917.es.2022.27.22.2200424
发表时间：
2022-06
期刊：
Euro surveillance : bulletin Europeen sur les maladies transmissibles = European communicable disease bulletin
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
DOI：
10.1093/infdis/jiaa559
发表时间：
2022-04-19
期刊：
The Journal of infectious diseases
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
9.4
作者：
Nitsche, A;Ellerbrok, H;Pauli, G
通讯作者：
Pauli, G
影响因子：
3.7
作者：
Rehm KE;Connor RF;Jones GJ;Yimbu K;Roper RL
通讯作者：
Roper RL
影响因子：
10.7
作者：
Firth C;Kitchen A;Shapiro B;Suchard MA;Holmes EC;Rambaut A
通讯作者：
Rambaut A