CLICK--topology-independent comparison of biomolecular 3D structures.
CLICK--topology-independent comparison of biomolecular 3D structures.
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DOI：
10.1093/nar/gkr393
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发表时间：
2011-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Madhusudhan MS
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Nguyen MN;Tan KP;Madhusudhan MS
我们的服务器，点击：http：//mspc.bii.a-star.edu.sg/click能够叠加任何一对生物分子（蛋白质、DNA、RNA等）的3D结构。服务器利用分子的笛卡尔坐标，并选择使用其他结构特征，如二级结构、溶剂可及表面积和残基深度来指导比对。CLICK首先寻找在待比对的结构对中结构相似的点的团（3-7个残基）。使用这些局部相似性，一个一对一的等价图表之间的残留物的两个结构。最小二乘拟合然后叠加两个结构。我们的方法是特别强大的，在建立蛋白质的关系，通过检测结构子域，域和拓扑变体的相似性。CLICK已被广泛地基准化，并与其他流行的蛋白质和RNA结构比对方法进行了比较。在大多数情况下，CLICK比对在结构重叠方面在统计学上显著更好。该方法还识别一种结构中的结构域或亚结构域相对于另一种结构可能发生的构象变化。为此，服务器产生互补比对以最大化可检测相似性的程度。各种例子展示了我们的Web服务器的实用程序。
Our server, CLICK: http://mspc.bii.a-star.edu.sg/click, is capable of superimposing the 3D structures of any pair of biomolecules (proteins, DNA, RNA, etc.). The server makes use of the Cartesian coordinates of the molecules with the option of using other structural features such as secondary structure, solvent accessible surface area and residue depth to guide the alignment. CLICK first looks for cliques of points (3–7 residues) that are structurally similar in the pair of structures to be aligned. Using these local similarities, a one-to-one equivalence is charted between the residues of the two structures. A least square fit then superimposes the two structures. Our method is especially powerful in establishing protein relationships by detecting similarities in structural subdomains, domains and topological variants. CLICK has been extensively benchmarked and compared with other popular methods for protein and RNA structural alignments. In most cases, CLICK alignments were statistically significantly better in terms of structure overlap. The method also recognizes conformational changes that may have occurred in structural domains or subdomains in one structure with respect to the other. For this purpose, the server produces complementary alignments to maximize the extent of detectable similarity. Various examples showcase the utility of our web server.
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DOI：
10.1073/pnas.88.23.10495
发表时间：
1991-12-01
影响因子：
11.1
作者：
NUSSINOV, R;WOLFSON, HJ
通讯作者：
WOLFSON, HJ
影响因子：
--
作者：
Abyzov A;Ilyin VA
通讯作者：
Ilyin VA
影响因子：
5.8
作者：
Csaba, Gergely;Birzele, Fabian;Zimmer, Ralf
通讯作者：
Zimmer, Ralf
影响因子：
5.8
作者：
Dror, O;Nussinov, R;Wolfson, H
通讯作者：
Wolfson, H
影响因子：
14.9
作者：
Capriotti E;Marti-Renom MA
通讯作者：
Marti-Renom MA