SARA: a server for function annotation of RNA structures.
SARA: a server for function annotation of RNA structures.
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DOI：
10.1093/nar/gkp433
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发表时间：
2009-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Marti-Renom MA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Capriotti E;Marti-Renom MA
最近对非编码RNA转录物的兴趣导致蛋白质数据库中存放的RNA结构迅速增加。然而，RNA结构和功能空间的表征和功能分类仅得到部分解决。在这里，我们介绍了SARA程序成对比对的RNA结构作为基于结构的RNA功能分配的Web服务器。SARA服务器依赖于SARA程序，该程序基于单位向量均方根方法对齐两个RNA结构。通过分别估计序列、二级结构和三级结构同一性评分的统计学显著性的三个不同P值来评估SARA比对的可能准确性。我们的基准测试依赖于一组419个已知SCOR结构类的RNA结构，表明在平均P值大于或等于2.5的负对数时，SARA可以分别将正确或相似的SCOR类分配给基准集的81.4%和95.3%。SARA服务器可通过万维网http://sgu.bioinfo.cipf.es/services/SARA/免费访问。
Recent interest in non-coding RNA transcripts has resulted in a rapid increase of deposited RNA structures in the Protein Data Bank. However, a characterization and functional classification of the RNA structure and function space have only been partially addressed. Here, we introduce the SARA program for pair-wise alignment of RNA structures as a web server for structure-based RNA function assignment. The SARA server relies on the SARA program, which aligns two RNA structures based on a unit-vector root-mean-square approach. The likely accuracy of the SARA alignments is assessed by three different P-values estimating the statistical significance of the sequence, secondary structure and tertiary structure identity scores, respectively. Our benchmarks, which relied on a set of 419 RNA structures with known SCOR structural class, indicate that at a negative logarithm of mean P-value higher or equal than 2.5, SARA can assign the correct or a similar SCOR class to 81.4% and 95.3% of the benchmark set, respectively. The SARA server is freely accessible via the World Wide Web at http://sgu.bioinfo.cipf.es/services/SARA/.
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