PyNAST: a flexible tool for aligning sequences to a template alignment.
PyNAST: a flexible tool for aligning sequences to a template alignment.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btp636
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发表时间：
2010-01-15
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Knight R
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Caporaso JG;Bittinger K;Bushman FD;DeSantis TZ;Andersen GL;Knight R
动机：最近对齐空间终止（Nearest Alignment Space Termination， NAST）工具是基于序列的微生物生态群落分析中常用的工具，但由于原始实现的可移植性有限，它并没有得到尽可能广泛的采用。Python最接近对齐空间终止（PyNAST）是NAST的完整重新实现，它包括三个方便的接口：Mac OS X GUI，命令行界面和简单的应用程序编程接口（API）。结果：PyNAST的可用性将使流行的NAST算法更具可移植性，从而允许用户在自己的硬件上安装PyNAST，从而适用于更大数量级的数据集。此外，由于用户可以对任意模板进行对齐，这是最初的NAST web界面无法提供的功能，因此NAST算法将很容易适用于微生物群落分析以外的新任务。可用性：PyNAST可在http://pynast.sourceforge.net上获得。联系人:rob.knight@colorado.edu
Motivation: The Nearest Alignment Space Termination (NAST) tool is commonly used in sequence-based microbial ecology community analysis, but due to the limited portability of the original implementation, it has not been as widely adopted as possible. Python Nearest Alignment Space Termination (PyNAST) is a complete reimplementation of NAST, which includes three convenient interfaces: a Mac OS X GUI, a command-line interface and a simple application programming interface (API). Results: The availability of PyNAST will make the popular NAST algorithm more portable and thereby applicable to datasets orders of magnitude larger by allowing users to install PyNAST on their own hardware. Additionally because users can align to arbitrary template alignments, a feature not available via the original NAST web interface, the NAST algorithm will be readily applicable to novel tasks outside of microbial community analysis. Availability: PyNAST is available at http://pynast.sourceforge.net. Contact: rob.knight@colorado.edu
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影响因子：
12.3
作者：
Knight R;Maxwell P;Birmingham A;Carnes J;Caporaso JG;Easton BC;Eaton M;Hamady M;Lindsay H;Liu Z;Lozupone C;McDonald D;Robeson M;Sammut R;Smit S;Wakefield MJ;Widmann J;Wikman S;Wilson S;Ying H;Huttley GA
通讯作者：
Huttley GA
影响因子：
14.9
作者：
Katoh K;Kuma K;Toh H;Miyata T
通讯作者：
Miyata T
影响因子：
14.9
作者：
THOMPSON, JD;HIGGINS, DG;GIBSON, TJ
通讯作者：
GIBSON, TJ
影响因子：
4.4
作者：
DeSantis, T. Z.;Hugenholtz, P.;Andersen, G. L.
通讯作者：
Andersen, G. L.
影响因子：
3
作者：
Edgar RC
通讯作者：
Edgar RC