PhenoMiner: quantitative phenotype curation at the rat genome database.
PhenoMiner: quantitative phenotype curation at the rat genome database.
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DOI：
10.1093/database/bat015
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发表时间：
2013
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Shimoyama M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Laulederkind SJ;Liu W;Smith JR;Hayman GT;Wang SJ;Nigam R;Petri V;Lowry TF;de Pons J;Dwinell MR;Shimoyama M
大鼠基因组数据库（RGD）是大鼠基因组和遗传数据的主要存储库，目前拥有bbb40000个大鼠基因记录以及人类和小鼠同源基因，>2000个大鼠和1900个人类数量性状位点（qtl）记录和>2900个大鼠品系记录。为这些数据对象策划的生物信息包括疾病关联、表型、途径、分子功能、生物过程和细胞成分。最近，RGD启动了一个项目，除了现有的大鼠菌株、qtl和基因的定性表型数据外，还纳入了大鼠菌株的定量表型数据。设计了一个专门的策展工具，可以同时使用多达六个不同的本体/词汇表来生成手动注释，以描述文献中的单个实验值。同时，其中三个本体需要大量添加新术语来推进管理。在PhenoMiner策展项目的早期阶段，策展界面开发和本体开发是一个持续的过程。数据库地址：http://rgd.mcw.edu
The Rat Genome Database (RGD) is the premier repository of rat genomic and genetic data and currently houses >40 000 rat gene records as well as human and mouse orthologs, >2000 rat and 1900 human quantitative trait loci (QTLs) records and >2900 rat strain records. Biological information curated for these data objects includes disease associations, phenotypes, pathways, molecular functions, biological processes and cellular components. Recently, a project was initiated at RGD to incorporate quantitative phenotype data for rat strains, in addition to the currently existing qualitative phenotype data for rat strains, QTLs and genes. A specialized curation tool was designed to generate manual annotations with up to six different ontologies/vocabularies used simultaneously to describe a single experimental value from the literature. Concurrently, three of those ontologies needed extensive addition of new terms to move the curation forward. The curation interface development, as well as ontology development, was an ongoing process during the early stages of the PhenoMiner curation project. Database URL: http://rgd.mcw.edu
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基因本体论：2011年的增强。
影响因子：
14.9
作者：
Gene Ontology Consortium
通讯作者：
Gene Ontology Consortium
影响因子：
12.3
作者：
Smith CL;Goldsmith CA;Eppig JT
通讯作者：
Eppig JT
DOI：
10.1093/database/bas016
发表时间：
2012
期刊：
Database : the journal of biological databases and curation
影响因子：
--
作者：
Laulederkind SJ;Tutaj M;Shimoyama M;Hayman GT;Lowry TF;Nigam R;Petri V;Smith JR;Wang SJ;de Pons J;Dwinell MR;Jacob HJ
通讯作者：
Jacob HJ
DOI：
10.1093/database/bar065
发表时间：
2012
期刊：
Database : the journal of biological databases and curation
影响因子：
--
作者：
Davis AP;Wiegers TC;Rosenstein MC;Mattingly CJ
通讯作者：
Mattingly CJ
影响因子：
4.6
作者：
Kwitek, AE;Jacob, HJ;Cowley, AW
通讯作者：
Cowley, AW