MeRNA: a database of metal ion binding sites in RNA structures.
MeRNA: a database of metal ion binding sites in RNA structures.
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DOI：
10.1093/nar/gkj058
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发表时间：
2006-01-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Holbrook SR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Stefan LR;Zhang R;Levitan AG;Hendrix DK;Brenner SE;Holbrook SR
金属离子对于RNA折叠成稳定的三级结构和一些RNA酶的催化活性是必不可少的。为了帮助研究金属离子在RNA结构生物学中的作用，我们创建了梅尔纳（RNA中的金属），这是PDB和核酸数据库中RNA 3D结构中鉴定的所有金属结合位点的综合汇编。目前，我们的数据库包含与256个RNA结构中对应于23个不同元素的9764个金属离子的结合相关的信息。金属离子的位置进行了确认和配体的特点，使用原始文献参考。梅尔纳包括八个手动鉴定的金属离子结合基序，其在文献中描述。梅尔纳可通过PDB标识符、金属离子、结构测定方法、X射线结构的分辨率和R值以及金属与任何RNA原子或水的距离进行搜索。具有各自结合基序的新结构将在它们可用时添加到数据库中。梅尔纳数据库将进一步加深我们对金属离子在RNA折叠和催化中的作用的理解，并在结构和功能分析，RNA设计和工程中有应用。梅尔纳数据库可访问。
Metal ions are essential for the folding of RNA into stable tertiary structures and for the catalytic activity of some RNA enzymes. To aid in the study of the roles of metal ions in RNA structural biology, we have created MeRNA (Metals in RNA), a comprehensive compilation of all metal binding sites identified in RNA 3D structures available from the PDB and Nucleic Acid Database. Currently, our database contains information relating to binding of 9764 metal ions corresponding to 23 distinct elements, in 256 RNA structures. The metal ion locations were confirmed and ligands characterized using original literature references. MeRNA includes eight manually identified metal-ion binding motifs, which are described in the literature. MeRNA is searchable by PDB identifier, metal ion, method of structure determination, resolution and R-values for X-ray structure and distance from metal to any RNA atom or to water. New structures with their respective binding motifs will be added to the database as they become available. The MeRNA database will further our understanding of the roles of metal ions in RNA folding and catalysis and have applications in structural and functional analysis, RNA design and engineering. The MeRNA database is accessible at .
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