sgRNAcas9: a software package for designing CRISPR sgRNA and evaluating potential off-target cleavage sites.
sgRNAcas9: a software package for designing CRISPR sgRNA and evaluating potential off-target cleavage sites.
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sgRNAcas9：用于设计 CRISPR sgRNA 和评估潜在脱靶切割位点的软件包
DOI：
10.1371/journal.pone.0100448
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发表时间：
2014
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Zhang Y
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Xie S;Shen B;Zhang C;Huang X;Zhang Y
尽管CRISPR/Cas9/sgRNA系统在所需的靶位点有效地切割细胞内DNA，但主要问题仍然是可能在整个基因组中发生的潜在“脱靶”切割。为了提高CRISPR-Cas9对靶向基因组编辑和转录控制的特异性，我们描述了一种生物信息学工具“sgRNAcas 9”，这是一种为快速设计CRISPR sgRNA而开发的软件包，具有最小化的脱靶效应。该软件包由执行CRISPR靶位点搜索的程序组成使用用户定义的参数，预测全基因组Cas9潜在的脱靶切割位点（POT），将POT分为三类，批量设计用于构建20-nt（核苷酸）或截短的sgRNA表达载体，提取位于靶上或脱靶切割位点侧翼的所需长度的核苷酸序列，用于设计PCR引物对，以通过T7 E1切割测定验证突变。重要的是，通过计算机模拟鉴定潜在的脱靶位点，sgRNAcas 9允许选择更特异的靶位点，并有助于鉴定真正的脱靶位点，显著促进了用于基因组编辑应用的sgRNA的设计。sgRNAcas 9软件包在GNU通用公共许可证的条款下可在BioTools网站（www.biootools.com）上公开获得。
Although the CRISPR/Cas9/sgRNA system efficiently cleaves intracellular DNA at desired target sites, major concerns remain on potential “off-target” cleavage that may occur throughout the whole genome. In order to improve CRISPR-Cas9 specificity for targeted genome editing and transcriptional control, we describe a bioinformatics tool “sgRNAcas9”, which is a software package developed for fast design of CRISPR sgRNA with minimized off-target effects. This package consists of programs to perform a search for CRISPR target sites (protospacers) with user-defined parameters, predict genome-wide Cas9 potential off-target cleavage sites (POT), classify the POT into three categories, batch-design oligonucleotides for constructing 20-nt (nucleotides) or truncated sgRNA expression vectors, extract desired length nucleotide sequences flanking the on- or off-target cleavage sites for designing PCR primer pairs to validate the mutations by T7E1 cleavage assay. Importantly, by identifying potential off-target sites in silico, the sgRNAcas9 allows the selection of more specific target sites and aids the identification of bona fide off-target sites, significantly facilitating the design of sgRNA for genome editing applications. sgRNAcas9 software package is publicly available at BiooTools website (www.biootools.com) under the terms of the GNU General Public License.
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DOI：
10.1126/science.1165771
发表时间：
2008-12-19
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Marraffini LA;Sontheimer EJ
通讯作者：
Sontheimer EJ
影响因子：
7
作者：
Auer TO;Duroure K;De Cian A;Concordet JP;Del Bene F
通讯作者：
Del Bene F
影响因子：
--
作者：
Ma M;Ye AY;Zheng W;Kong L
通讯作者：
Kong L
影响因子：
64.5
作者：
Niu, Yuyu;Shen, Bin;Sha, Jiahao
通讯作者：
Sha, Jiahao
DOI：
10.1073/pnas.1308335110
发表时间：
2013-08-20
影响因子：
11.1
作者：
Jao, Li-En;Wente, Susan R.;Chen, Wenbiao
通讯作者：
Chen, Wenbiao