A guide RNA sequence design platform for the CRISPR/Cas9 system for model organism genomes.
A guide RNA sequence design platform for the CRISPR/Cas9 system for model organism genomes.
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DOI：
10.1155/2013/270805
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发表时间：
2013
影响因子：
--
通讯作者：
Kong L
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ma M;Ye AY;Zheng W;Kong L
据报道，Cas9/CRISPR在原核和真核细胞中有效地诱导靶向基因破坏和同源重组。因此，我们为模式生物的Cas9/CRISPR沉默系统开发了一个指导RNA序列设计平台。该平台易于用于具有输入查询序列的gRNA设计。它通过PAM发现潜在的靶点，并根据独特性、SNP、RNA二级结构和AT含量等因素对其进行排名。该平台允许用户上传和分享他们的实验结果。此外，已发表论文中的大多数指导RNA序列已被放入我们的数据库。
Cas9/CRISPR has been reported to efficiently induce targeted gene disruption and homologous recombination in both prokaryotic and eukaryotic cells. Thus, we developed a Guide RNA Sequence Design Platform for the Cas9/CRISPR silencing system for model organisms. The platform is easy to use for gRNA design with input query sequences. It finds potential targets by PAM and ranks them according to factors including uniqueness, SNP, RNA secondary structure, and AT content. The platform allows users to upload and share their experimental results. In addition, most guide RNA sequences from published papers have been put into our database.
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影响因子：
46.9
作者：
通讯作者：
--
DOI：
10.1126/science.1232033
发表时间：
2013-02-15
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Mali P;Yang L;Esvelt KM;Aach J;Guell M;DiCarlo JE;Norville JE;Church GM
通讯作者：
Church GM
DOI：
10.1186/1748-7188-6-26
发表时间：
2011-11-24
期刊：
Algorithms for molecular biology : AMB
影响因子：
--
作者：
Lorenz R;Bernhart SH;Höner Zu Siederdissen C;Tafer H;Flamm C;Stadler PF;Hofacker IL
通讯作者：
Hofacker IL
影响因子：
46.9
作者：
Miller, Jeffrey C.;Tan, Siyuan;Rebar, Edward J.
通讯作者：
Rebar, Edward J.
影响因子：
12.3
作者：
Langmead B;Trapnell C;Pop M;Salzberg SL
通讯作者：
Salzberg SL