Proteomic analyses reveal new features of the box H/ACA RNP biogenesis.
Proteomic analyses reveal new features of the box H/ACA RNP biogenesis.
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DOI：
10.1093/nar/gkad129
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发表时间：
2023-04-24
影响因子：
14.9
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
保守的H/ACA RNP由一个H/ACA RNA和4个核心蛋白组成：dyskerin，NHP 2，NOP 10和GAR 1。它的装配需要几个装配因素。含有新生RNA、dyskerin、NOP 10、NHP 2和NAF 1的前颗粒是共转录组装的。NAF 1后来被GAR 1取代，形成成熟的RNP。在这项研究中，我们探索的机制，导致组装的H/ACA RNPs。我们通过定量SILAC蛋白质组学对GAR 1、NHP 2、SHQ 1和NAF 1蛋白质组进行了分析，并通过在甘油梯度上沉降来分析含有这些蛋白质的纯化复合物。我们建议在H/ACA RNP组装过程中形成几种不同的中间复合物，特别是形成早期的蛋白质复合物，其中至少包含核心蛋白dyskerin，NOP 10和NHP 2，以及组装因子SHQ 1和NAF 1。我们还鉴定了与GAR 1、NHP 2、SHQ 1和NAF 1相关的新蛋白，这些蛋白对盒H/ACA组装或功能可能很重要。此外，尽管GAR 1是由甲基化调控的，但这些甲基化的性质、定位和功能尚不清楚。我们的纯化GAR 1的MS分析揭示了新的精氨酸甲基化位点。此外，我们发现，未甲基化的GAR 1被正确地掺入H/ACA RNP中，即使效率低于甲基化的。
The conserved H/ACA RNPs consist of one H/ACA RNA and 4 core proteins: dyskerin, NHP2, NOP10, and GAR1. Its assembly requires several assembly factors. A pre-particle containing the nascent RNAs, dyskerin, NOP10, NHP2 and NAF1 is assembled co-transcriptionally. NAF1 is later replaced by GAR1 to form mature RNPs. In this study, we explore the mechanism leading to the assembly of H/ACA RNPs. We performed the analysis of GAR1, NHP2, SHQ1 and NAF1 proteomes by quantitative SILAC proteomic, and analyzed purified complexes containing these proteins by sedimentation on glycerol gradient. We propose the formation of several distinct intermediate complexes during H/ACA RNP assembly, notably the formation of early protein-only complexes containing at least the core proteins dyskerin, NOP10, and NHP2, and the assembly factors SHQ1 and NAF1. We also identified new proteins associated with GAR1, NHP2, SHQ1 and NAF1, which can be important for box H/ACA assembly or function. Moreover, even though GAR1 is regulated by methylations, the nature, localization, and functions of these methylations are not well known. Our MS analysis of purified GAR1 revealed new sites of arginine methylations. Additionally, we showed that unmethylated GAR1 is correctly incorporated in H/ACA RNPs, even though with less efficiency than methylated ones.
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影响因子：
4.4
作者：
Cloutier, Philippe;Poitras, Christian;Coulombe, Benoit
通讯作者：
Coulombe, Benoit
DOI：
10.1083/jcb.200601105
发表时间：
2006-04-24
期刊：
The Journal of cell biology
影响因子：
--
作者：
Darzacq X;Kittur N;Roy S;Shav-Tal Y;Singer RH;Meier UT
通讯作者：
Meier UT
影响因子：
10.5
作者：
Baker, DL;Youssef, OA;Terns, MP
通讯作者：
Terns, MP
影响因子：
10.5
作者：
Ganot, P;CaizerguesFerrer, M;Kiss, T
通讯作者：
Kiss, T
影响因子：
3.3
作者：
Bachand, F;Boisvert, FM;Autexier, C
通讯作者：
Autexier, C