Rice SNP-seek database update: new SNPs, indels, and queries.
Rice SNP-seek database update: new SNPs, indels, and queries.
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DOI：
10.1093/nar/gkw1135
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发表时间：
2017-01-04
影响因子：
14.9
通讯作者：
Alexandrov N
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Mansueto L;Fuentes RR;Borja FN;Detras J;Abriol-Santos JM;Chebotarov D;Sanciangco M;Palis K;Copetti D;Poliakov A;Dubchak I;Solovyev V;Wing RA;Hamilton RS;Mauleon R;McNally KL;Alexandrov N
我们描述了水稻SNP-Seek数据库自第一次发布以来的更新。我们运行了一个新的SNP调用管道，然后进行过滤，生成了完整的、基本的、经过筛选的和核心的SNP数据集。除日本晴参考基因组外，该管道还运行在IR、93-11、DJ123和Kasalath的基因组组合上。为参考集合、SNP数据集和INDELS添加了新的基因查询和显示功能。JBROWSE现在显示BAM、VCF和其他注释轨迹、额外的基因组组合和嵌入式Vista基因组比较查看器。中间件经过重新设计，通过使用HDF5和RDMS的混合体来存储基因，从而提高了性能。改进了针对基因型、品种和基因的查询模块，以处理各种约束。集成的列表管理器允许用户传递查询参数以供进一步分析。SNP注释器将特征、本体术语、影响和交互添加到列表中的标记。实现了Web服务调用来访问大多数数据。这些功能使得能够跨各种生物实体无缝查询SNP-Seek，朝着半自动的基因-性状关联发现迈出了一步。网址：http://snp-seek.irri.org.
We describe updates to the Rice SNP-Seek Database since its first release. We ran a new SNP-calling pipeline followed by filtering that resulted in complete, base, filtered and core SNP datasets. Besides the Nipponbare reference genome, the pipeline was run on genome assemblies of IR 64, 93-11, DJ 123 and Kasalath. New genotype query and display features are added for reference assemblies, SNP datasets and indels. JBrowse now displays BAM, VCF and other annotation tracks, the additional genome assemblies and an embedded VISTA genome comparison viewer. Middleware is redesigned for improved performance by using a hybrid of HDF5 and RDMS for genotype storage. Query modules for genotypes, varieties and genes are improved to handle various constraints. An integrated list manager allows the user to pass query parameters for further analysis. The SNP Annotator adds traits, ontology terms, effects and interactions to markers in a list. Web-service calls were implemented to access most data. These features enable seamless querying of SNP-Seek across various biological entities, a step toward semi-automated gene-trait association discovery. URL: http://snp-seek.irri.org.
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