SNP-Seek database of SNPs derived from 3000 rice genomes.
SNP-Seek database of SNPs derived from 3000 rice genomes.
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DOI：
10.1093/nar/gku1039
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发表时间：
2015-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
McNally KL
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Alexandrov N;Tai S;Wang W;Mansueto L;Palis K;Fuentes RR;Ulat VJ;Chebotarov D;Zhang G;Li Z;Mauleon R;Hamilton RS;McNally KL
我们通过将来自3000个水稻基因组计划的读段与日本晴基因组进行比对，确定了约2000万个水稻SNP。SNPs和等位基因信息被组织到SNP-Seek系统（http：//www.oryzasnp.org/iric-portal/）中，该系统由具有SNP基因型的总行数接近600亿（20 M SNPs × 3 K水稻品系）的Oracle数据库和用于方便查询的web界面组成。该数据库允许快速检索给定基因组区域中所有品种的SNP等位基因，从预定义的品种中找到不同的等位基因，并查询有关测序水稻品系的基本护照和形态表型信息。在JBrowse基因组浏览器中可以将SNP与基因结构一起可视化。水稻品种之间的进化关系可以用系统发育树或多维标度图来探讨。
We have identified about 20 million rice SNPs by aligning reads from the 3000 rice genomes project with the Nipponbare genome. The SNPs and allele information are organized into a SNP-Seek system (http://www.oryzasnp.org/iric-portal/), which consists of Oracle database having a total number of rows with SNP genotypes close to 60 billion (20 M SNPs × 3 K rice lines) and web interface for convenient querying. The database allows quick retrieving of SNP alleles for all varieties in a given genome region, finding different alleles from predefined varieties and querying basic passport and morphological phenotypic information about sequenced rice lines. SNPs can be visualized together with the gene structures in JBrowse genome browser. Evolutionary relationships between rice varieties can be explored using phylogenetic trees or multidimensional scaling plots.
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Jackson, MT
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