OrfPredictor: predicting protein-coding regions in EST-derived sequences.
OrfPredictor: predicting protein-coding regions in EST-derived sequences.
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DOI：
10.1093/nar/gki394
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发表时间：
2005-07-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Tsang A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Min XJ;Butler G;Storms R;Tsang A
OrfPredictor是一个Web服务器，用于识别表达序列标签（EST）衍生序列中的蛋白质编码区。对于在BLASTX中命中的查询序列，程序基于BLASTX比对中鉴定的翻译阅读框预测编码区，否则，它基于查询序列的内在信号预测最可能的编码区。输出是FASTA格式的预测肽序列，以及包括查询ID、翻译阅读框和编码区开始和结束的核苷酸位置的定义行。OrfPredictor有助于EST衍生序列的注释，特别是对于大规模EST项目。OrfPredictor可在。
OrfPredictor is a web server designed for identifying protein-coding regions in expressed sequence tag (EST)-derived sequences. For query sequences with a hit in BLASTX, the program predicts the coding regions based on the translation reading frames identified in BLASTX alignments, otherwise, it predicts the most probable coding region based on the intrinsic signals of the query sequences. The output is the predicted peptide sequences in the FASTA format, and a definition line that includes the query ID, the translation reading frame and the nucleotide positions where the coding region begins and ends. OrfPredictor facilitates the annotation of EST-derived sequences, particularly, for large-scale EST projects. OrfPredictor is available at .
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