Isotopic ratio outlier analysis global metabolomics of Caenorhabditis elegans.
Isotopic ratio outlier analysis global metabolomics of Caenorhabditis elegans.
复制标题
DOI：
10.1021/ac4025413
复制
发表时间：
2013-12-17
影响因子：
7.4
通讯作者：
Edison, Arthur S.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Stupp, Gregory S.;Clendinen, Chaevien S.;Ajredini, Ramadan;Szewc, Mark A.;Garret, Timothy;Menger, Robert F.;Yost, Richard A.;Beecher, Chris;Edison, Arthur S.
我们使用称为同位素比率异常值分析 (IROA) 的基于质谱的技术展示了秀丽隐杆线虫应激反应的整体代谢分析。在 IROA 方案中，对照样品和实验样品分别用 95% 和 5% 13C 进行同位素标记，并将两个样品群体混合在一起以进行均匀提取、样品制备和 LC-MS 分析。与传统方法相比，这种标记策略具有以下几个优点：1) 生物合成产生的化合物很容易与人工产物区分开来，2) 由于对照和实验合并为单个样品，因此可以最大限度地减少样品提取和制备的误差，3) 每个分子中分子量和碳原子的确切数量的测量提供了极其准确的分子式，4) 可以轻松确定所有代谢物的相对浓度。对秀丽隐杆线虫进行热激扰动以证明这种方法。我们发现了许多在热休克后发生显着变化的化合物，包括来自嘌呤代谢途径的几种化合物，我们用它们来演示该方法。 IROA 的代谢组反应信息可以在可用于秀丽隐杆线虫的大量遗传和蛋白质组信息的背景下进行解释。此外，IROA 协议可应用于任何可进行同位素标记的生物体，使其成为全球代谢组学管道中强大的新工具。
We demonstrate the global metabolic analysis of Caenorhabditis elegans stress responses using a mass spectrometry-based technique called Isotopic Ratio Outlier Analysis (IROA). In an IROA protocol, control and experimental samples are isotopically labeled with 95% and 5% 13C, and the two sample populations are mixed together for uniform extraction, sample preparation, and LC-MS analysis. This labeling strategy provides several advantages over conventional approaches: 1) compounds arising from biosynthesis are easily distinguished from artifacts, 2) errors from sample extraction and preparation are minimized because the control and experiment are combined into a single sample, 3) measurement of both the molecular weight and the exact number of carbon atoms in each molecule provides extremely accurate molecular formulae, and 4) relative concentrations of all metabolites are easily determined. A heat shock perturbation was conducted on C. elegans to demonstrate this approach. We identified many compounds that significantly changed upon heat shock, including several from the purine metabolism pathway, which we use to demonstrate the approach. The metabolomic response information by IROA may be interpreted in the context of a wealth of genetic and proteomic information available for C. elegans. Furthermore, the IROA protocol can be applied to any organism that can be isotopically labeled, making it a powerful new tool in a global metabolomics pipeline.
登录
查看更多内容
影响因子：
14.8
作者：
Bennett, Bryson D.;Yuan, Jie;Rabinowitz, Joshua D.
通讯作者：
Rabinowitz, Joshua D.
DOI：
10.1016/j.jasms.2007.01.017
发表时间：
2007-05-01
影响因子：
3.2
作者：
Lu, Wenyun;Kwon, Yun Kyung;Rabinowitz, Joshua D.
通讯作者：
Rabinowitz, Joshua D.
DOI：
10.1016/j.jasms.2009.07.014
发表时间：
2009-11-01
影响因子：
3.2
作者：
Erve, John C. L.;Gu, Ming;Talaat, Rasmy E.
通讯作者：
Talaat, Rasmy E.
DOI：
10.1895/wormbook.1.155.1
发表时间：
2013-01-18
期刊：
WormBook : the online review of C. elegans biology
影响因子：
--
作者：
Ludewig AH;Schroeder FC
通讯作者：
Schroeder FC
影响因子：
--
作者：
Castro C;Krumsiek J;Lehrbach NJ;Murfitt SA;Miska EA;Griffin JL
通讯作者：
Griffin JL