Segmentation and tracking of cytoskeletal filaments using open active contours.
Segmentation and tracking of cytoskeletal filaments using open active contours.
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DOI：
10.1002/cm.20481
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发表时间：
2010-11
期刊：
影响因子：
2.9
通讯作者：
Vavylonis, Dimitrios
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Smith, Matthew B.;Li, Hongsheng;Shen, Tian;Huang, Xiaolei;Yusuf, Eddy;Vavylonis, Dimitrios
我们使用开放的活动轮廓来量化荧光显微镜在二维和三维成像的细胞骨架结构。我们开发了一个交互式软件工具，用于对单个纤维进行分割、跟踪和可视化。开放活动轮廓是参数曲线，其变形以最小化来自图像的外部能量和内部弯曲和拉伸能量的总和。外部能量产生(I)向图像中细丝的中心亮线吸引轮廓的力，以及(Ii)向明亮脊端拉伸活动轮廓的力。对已知弯曲和扭转刚度的模拟半柔性聚合物的图像进行了分析，以验证该方法的有效性。我们应用我们的方法在两个例子中对肌动蛋白的构象和动力学进行了定量：体外TIRF显微镜成像的肌动蛋白细丝和旋转圆盘共聚焦显微镜成像的分裂酵母中的肌动蛋白缆线。
We use open active contours to quantify cytoskeletal structures imaged by fluorescence microscopy in two and three dimensions. We developed an interactive software tool for segmentation, tracking, and visualization of individual fibers. Open active contours are parametric curves that deform to minimize the sum of an external energy derived from the image and an internal bending and stretching energy. The external energy generates (i) forces that attract the contour toward the central bright line of a filament in the image, and (ii) forces that stretch the active contour toward the ends of bright ridges. Images of simulated semiflexible polymers with known bending and torsional rigidity are analyzed to validate the method. We apply our methods to quantify the conformations and dynamics of actin in two examples: actin filaments imaged by TIRF microscopy in vitro, and actin cables in fission yeast imaged by spinning disk confocal microscopy.
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芽殖酵母酿酒酵母中内体和肌动蛋白斑块的组装、拆卸和肌动蛋白电缆依赖性运动的活细胞成像。
影响因子：
7.8
作者：
Huckaba, TM;Gay, AC;Pantalena, LF;Yang, HC;Pon, LA
通讯作者：
Pon, LA
DOI：
10.1073/pnas.0703094104
发表时间：
2007-10-09
影响因子：
11.1
作者：
Brangwynne, Clifford P.;MacKintosh, F. C.;Weitz, David A.
通讯作者：
Weitz, David A.
影响因子：
8.6
作者：
Giomi, L.;Mahadevan, L.
通讯作者：
Mahadevan, L.
影响因子：
3.4
作者：
Kas, J;Strey, H;Janmey, PA
通讯作者：
Janmey, PA
影响因子：
3.4
作者：
Helmke, BP;Thakker, DB;Davies, PF
通讯作者：
Davies, PF