The measurement of binding affinities by NMR chemical shift perturbation.
The measurement of binding affinities by NMR chemical shift perturbation.
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DOI：
10.1007/s10858-022-00402-3
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发表时间：
2022-08
影响因子：
2.7
通讯作者：
Williamson, Mike P.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hobbs, Billy;Drant, Jack;Williamson, Mike P.
我们对三种不同的蛋白质进行了化学位移摄动滴定。由此产生的化学位移已被分析以确定拟合数据的最佳方式，并得出结论，将所有原始位移数据同时拟合到单个解离常数是最准确和最精确的方法。结果表明，15N化学位移对1H化学位移的最优权重依赖于蛋白质，但在共识值0.14附近。我们表明，单个残基的化学位移变化可以适合于给出残基特异性亲和力。亲和性明显强于平均水平的残基与配体紧密接触，并建议形成刚性接触面，但仅当结合涉及很少的构象变化时。这一观察结果在分析结合和构象变化时可能有价值。在线版本包含补充材料，可在10.1007/s10858-022-00402-3获得。
We have carried out chemical shift perturbation titrations on three contrasting proteins. The resulting chemical shifts have been analysed to determine the best way to fit the data, and it is concluded that a simultaneous fitting of all raw shift data to a single dissociation constant is both the most accurate and the most precise method. It is shown that the optimal weighting of 15N chemical shifts to 1H chemical shifts is protein dependent, but is around the consensus value of 0.14. We show that chemical shift changes of individual residues can be fit to give residue-specific affinities. Residues with affinities significantly stronger than average are found in close contact with the ligand and are suggested to form a rigid contact surface, but only when the binding involves little conformational change. This observation may be of value in analysing binding and conformational change. The online version contains supplementary material available at 10.1007/s10858-022-00402-3.
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通讯作者：
Markley JL