A Nanopore-based method for generating complete coding region sequences of dengue virus in resource-limited settings
A Nanopore-based method for generating complete coding region sequences of dengue virus in resource-limited settings
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一种基于纳米孔的方法，用于在资源有限的环境中生成登革热病毒的完整编码区序列
DOI：
10.1101/499111
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发表时间：
2018
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Stubbs S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Stubbs S
登革病毒（DENV）测序是监测和流行病学研究的重要工具。然而，目前用于测序DENV的方法昂贵、费力且技术要求高，通常是由于血清型内和血清型间的变异性。因此，在DENV流行的许多地区，现场DENV测序是不可行的。这些地区的监测只能通过将样本运送到设备齐全的中心实验室进行测序来进行。然而，长时间的不充分储存和不可靠的运输条件意味着这些样品可能会降解，从而使序列恢复困难。因此，我们的目标是开发一种简单、便携和有效的方法，用于有限资源环境下的DENV现场测序。为了实现这一目标，我们首先使用“Primal Scheme”引物设计工具开发了一种简单而强大的方案，用于生成多个短扩增子，覆盖DENV分离株的完整编码区。然后，我们将该方法与Nanopore MinION配对，Nanopore MinION是一种便携式且经济实惠的测序设备，非常适合最小的资源设置。多重PCR方法产生了所有测试的DENV样品的全编码区覆盖，无需优化，并且短扩增子的Nanopore测序产生了具有高准确度（99.52 - 99.92%）的共有序列。使用新方法产生的共有序列的系统发育分析表明，它们与当前长扩增子Illumina方法产生的序列形成单系簇，从而证明这两种方法具有可比性。与目前的DENV测序方法相比，多重方法的简单性和便携性使其非常适合用于资源有限的DENV流行地区。在这些地区部署该方法将提高DENV监测的能力，并有可能为未来的DENV流行病学研究提供重要的解决方案。
Dengue virus (DENV) sequencing is a vital tool for surveillance and epidemiology studies. However, the current methods employed for sequencing DENV are expensive, laborious and technically demanding, often due to intra- and inter-serotype variability. Therefore, on-site DENV sequencing is not feasible in many of the areas where DENV is endemic. Surveillance in these areas can only be performed by shipping samples to well-equipped central laboratories for sequencing. However, long periods of inadequate storage and unreliable shipping conditions mean that such samples can arrive degraded, rendering sequence recovery difficult. We therefore aimed to develop an approach that is simple, portable and effective, to be used for on-site DENV sequencing in limited resource settings.To achieve this, we first used the ‘Primal Scheme’ primer design tool to develop a simple and robust protocol for generating multiple short amplicons, covering the complete coding-region of DENV isolates. We then paired this method with the Nanopore MinION, a portable and affordable sequencing device, well-suited to minimal resource settings.The multiplex PCR method produced full-coding-region coverage of all DENV samples tested with no optimisation required, and Nanopore sequencing of the short amplicons generated consensus sequences with high accuracy (99.52 - 99.92 %). Phylogenetic analysis of the consensus sequences generated using the new method showed that they formed monophyletic clusters with those produced by the current, long-amplicon, Illumina method, thus demonstrating that the two approaches are comparable. The multiplex method’s simplicity and portability compared to the current DENV sequencing approach make it well-suited for use in resource-limited, DENV-endemic regions. Deployment of the method in these regions would increase the capacity for DENV surveillance and has the potential to provide vital resolution for future DENV epidemiology studies.
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空间和时间尺度之间的登革率多样性：局部结构以及宿主种群规模的影响。
DOI：
10.1126/science.aaj9384
发表时间：
2017-03-24
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Salje H;Lessler J;Maljkovic Berry I;Melendrez MC;Endy T;Kalayanarooj S;A-Nuegoonpipat A;Chanama S;Sangkijporn S;Klungthong C;Thaisomboonsuk B;Nisalak A;Gibbons RV;Iamsirithaworn S;Macareo LR;Yoon IK;Sangarsang A;Jarman RG;Cummings DA
通讯作者：
Cummings DA
登革热病毒的下一代全基因组测序。
影响因子：
--
作者：
P. Aw;P. F. de Sessions;A. Wilm;L. Hoang;N. Nagarajan;O. Sessions;M. Hibberd
通讯作者：
M. Hibberd
望加锡登革热病毒的基因组分析和生长特征。
DOI：
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发表时间：
2015
期刊：
影响因子：
--
作者：
Isra Wahid
通讯作者：
Isra Wahid
影响因子：
4.5
作者：
Higa Y
通讯作者：
Higa Y
DOI：
10.1073/pnas.0602768103
发表时间：
2006-09-19
影响因子：
11.1
作者：
Adams, B.;Holmes, E. C.;Boots, M.
通讯作者：
Boots, M.