Toward Ab Initio Optical Spectroscopy of the Fenna-Matthews-Olson Complex.
Toward Ab Initio Optical Spectroscopy of the Fenna-Matthews-Olson Complex.
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Fenna-Matthews-Olson 复合体的从头算光谱学。
DOI：
10.1021/jz402000c
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发表时间：
2013
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Cole DJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Cole DJ
我们介绍了Fenna-Matthews-Olson色素-蛋白质复合体的哈密顿量的第一原理参数化的进展，该分子已成为理解量子动力学在光合作用激子能量转移中的作用的关键。为此，我们使用线性标度密度泛函理论对组成该络合物的七种细菌-叶绿素色素中的每一种进行了全量子力学计算，包括其相当大一部分蛋白质环境(超过2000个原子)，该理论利用了最近在激发态计算方面的一项发展。计算了局域色素跃迁能和光学跃迁间的色素间耦合，与文献一致。模拟和实验光谱之间的比较指向了未来的工作，这可能有助于阐明这些纳米设备的重要设计原则。
We present progress toward a first-principles parametrization of the Hamiltonian of the Fenna–Matthews–Olson pigment–protein complex, a molecule that has become key to understanding the role of quantum dynamics in photosynthetic exciton energy transfer. To this end, we have performed fully quantum mechanical calculations on each of the seven bacteriochlorophyll pigments that make up the complex, including a significant proportion of their protein environment (more than 2000 atoms), using linear-scaling density functional theory exploiting a recent development for the computation of excited states. Local pigment transition energies and interpigment coupling between optical transitions have been calculated and are in good agreement with the literature consensus. Comparisons between simulated and experimental optical spectra point toward future work that may help to elucidate important design principles in these nanoscale devices.
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极性半导体纳米棒的线性尺度密度泛函理论模拟
DOI：
10.1088/1742-6596/367/1/012002
发表时间：
2012
期刊：
Conference Series
影响因子：
--
作者：
Hine N
通讯作者：
Hine N
影响因子：
5.7
作者：
Kreisbeck, Christoph;Kramer, Tobias
通讯作者：
Kramer, Tobias
影响因子：
3.3
作者：
Olbrich, Carsten;Jansen, Thomas L. C.;Liebers, Joerg;Aghtar, Mortaza;Struempfer, Johan;Schulten, Klaus;Knoester, Jasper;Kleinekathoefer, Ulrich
通讯作者：
Kleinekathoefer, Ulrich
影响因子：
4.4
作者：
Fox, Stephen J.;Pittock, Chris;Skylaris, Chris-Kriton
通讯作者：
Skylaris, Chris-Kriton
在应用于周期系统的线性尺度密度泛函理论中实现平面波精度：晶体硅的案例研究。
DOI：
10.1063/1.2796168
发表时间：
2007
期刊：
The Journal of chemical physics
影响因子：
--
作者：
Chris;P. Haynes
通讯作者：
P. Haynes