Differentially conserved amino acid positions may reflect differences in SARS-CoV-2 and SARS-CoV behaviour.
Differentially conserved amino acid positions may reflect differences in SARS-CoV-2 and SARS-CoV behaviour.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btab094
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发表时间：
2021-08-25
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Cinatl J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bojkova D;McGreig JE;McLaughlin KM;Masterson SG;Antczak M;Widera M;Krähling V;Ciesek S;Wass MN;Michaelis M;Cinatl J
SARS-CoV-2是一种新型冠状病毒，目前正在引起大流行。在此，我们对SARS-CoV-2和密切相关的SARS-CoV进行了计算机模拟和细胞培养比较。许多氨基酸位置在SARS-CoV-2和SARS-CoV之间差异保守，这反映了病毒行为的差异，即SARS-CoV-2更有效的人际传播和与SARS-CoV相关的更高死亡率。S蛋白（介导病毒进入）的变异与其与ACE 2（细胞S受体）相互作用的差异以及对TMPRSS 2（通过S裂解使病毒进入）抑制的敏感性相关。抗ACE 2抗体比SARS-CoV-2感染更强地抑制SARS-CoV，可能是由于SARS-CoV-2 S-ACE 2相对于SARS-CoV S具有更强的亲和力。此外，SARS-CoV-2和SARS-CoV在细胞嗜性方面表现出差异。细胞ACE 2和TMPRSS 2水平未表明对SARS-CoV-2的易感性。总之，我们确定了SARS-CoV-2和SARS-CoV之间的基因组变异，这可能反映了它们在临床和生物学行为上的差异。 补充数据可在Bioinformatics在线获得。
SARS-CoV-2 is a novel coronavirus currently causing a pandemic. Here, we performed a combined in-silico and cell culture comparison of SARS-CoV-2 and the closely related SARS-CoV. Many amino acid positions are differentially conserved between SARS-CoV-2 and SARS-CoV, which reflects the discrepancies in virus behaviour, i.e. more effective human-to-human transmission of SARS-CoV-2 and higher mortality associated with SARS-CoV. Variations in the S protein (mediates virus entry) were associated with differences in its interaction with ACE2 (cellular S receptor) and sensitivity to TMPRSS2 (enables virus entry via S cleavage) inhibition. Anti-ACE2 antibodies more strongly inhibited SARS-CoV than SARS-CoV-2 infection, probably due to a stronger SARS-CoV-2 S-ACE2 affinity relative to SARS-CoV S. Moreover, SARS-CoV-2 and SARS-CoV displayed differences in cell tropism. Cellular ACE2 and TMPRSS2 levels did not indicate susceptibility to SARS-CoV-2. In conclusion, we identified genomic variation between SARS-CoV-2 and SARS-CoV that may reflect the differences in their clinical and biological behaviour. Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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影响因子：
64.8
作者：
Li W;Moore MJ;Vasilieva N;Sui J;Wong SK;Berne MA;Somasundaran M;Sullivan JL;Luzuriaga K;Greenough TC;Choe H;Farzan M
通讯作者：
Farzan M
DOI：
10.1038/nrmicro.2016.81
发表时间：
2016-08
期刊：
Nature reviews. Microbiology
影响因子：
--
作者：
de Wit E;van Doremalen N;Falzarano D;Munster VJ
通讯作者：
Munster VJ
影响因子：
14.8
作者：
Kelley LA;Mezulis S;Yates CM;Wass MN;Sternberg MJ
通讯作者：
Sternberg MJ
影响因子：
28.3
作者：
Gorbalenya, Alexander E.;Baker, Susan C.;Ziebuhr, John
通讯作者：
Ziebuhr, John
DOI：
10.1073/pnas.0603144103
发表时间：
2006-08-22
影响因子：
11.1
作者：
Kamitani, Wataru;Narayanan, Krishna;Makino, Shinji
通讯作者：
Makino, Shinji