Two-step cross-linking for analysis of protein-chromatin interactions.
Two-step cross-linking for analysis of protein-chromatin interactions.
复制标题
DOI：
10.1007/978-1-61779-376-9_7
复制
发表时间：
2012
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Brasier, Allan R.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Tian, Bing;Yang, Jun;Brasier, Allan R.
真核基因调控部分是由可诱导的转录因子以组织特异性和激素反应的方式结合调控序列而控制的。分析天然染色质内转录因子相互作用的方法的发展，对于系统分析基因调控的时间和研究染色质修饰酶对启动子可及性的影响是一个重要的进步。交叉连接芯片(XChIP)是一种利用甲醛介导的蛋白质-染色质固定来保存相互作用的特异方法，用于后续的靶标鉴定。然而，传统的一步交联技术并不能保存所有的蛋白质-DNA相互作用，特别是对于处于与染色质的超动态平衡的转录因子或对于共激活因子的相互作用。在这里，我们描述了一种通用的、高效的“两步”XChIP方法，它包括顺序的蛋白质-蛋白质固定，然后是蛋白质-DNA固定。该方法已成功地用于分析转录因子(NF-κB，STAT3)、聚合酶(RNAPol II)、共活化子(CBP/p300，CDK9)和染色质结构蛋白(修饰组蛋白)的染色质结合。对DNA提取和超声法进行了改进，使其适用于定量基因组聚合酶链式反应和下一代测序的下游靶标鉴定。
Eukaryotic gene regulation is controlled, in part, by inducible transcription factors binding regulatory sequences in a tissue-specific and hormone-responsive manner. The development of methods for analysis of transcription factor interaction within native chromatin has been a significant advance for the systematic analyses of the timing of gene regulation and studies on the effects of chromatin modifying enzymes on promoter accessibility. Cross-linking-ChIP (XChIP) is a specific method involving formaldehyde mediated protein-chromatin fixation to preserve the interaction for subsequent target identification. However, the conventional single-step cross-linking technique does not preserve all protein-DNA interactions, especially for transcription factors in hyper-dynamic equilibrium with chromatin or for coactivator interactions. Here we describe a versatile, efficient “two-step” XChIP method that involves sequential protein-protein fixation followed by protein-DNA fixation. This method has been used successfully for analysis of chromatin binding for transcription factors (NF-κB, STAT3), polymerases (RNA Pol II), coactivators (CBP/p300, CDK9) and chromatin structural proteins (modified histones). Modifications of DNA extraction and sonication suitable for downstream target identification by quantitative genomic PCR and next generation sequencing are described.
登录
查看更多内容
影响因子：
5.3
作者：
Nowak, David E.;Tian, Bing;Brasier, Allan R.
通讯作者：
Brasier, Allan R.
影响因子：
2.7
作者：
Nowak, DE;Tian, B;Brasier, AR
通讯作者：
Brasier, AR
影响因子：
4.8
作者：
Schmidt, Dominic;Wilson, Michael D.;Spyrou, Christiana;Brown, Gordon D.;Hadfield, James;Odom, Duncan T.
通讯作者：
Odom, Duncan T.
影响因子：
2.7
作者：
Zeng, Ping-Yao;Vakoc, Christopher R.;Berger, Shelley L.
通讯作者：
Berger, Shelley L.
影响因子：
4.8
作者：
Ramadoss, Preeti;Chiappini, Franck;Hollenberg, Anthony N.
通讯作者：
Hollenberg, Anthony N.