ChIP-seq: using high-throughput sequencing to discover protein-DNA interactions.
ChIP-seq: using high-throughput sequencing to discover protein-DNA interactions.
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DOI：
10.1016/j.ymeth.2009.03.001
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发表时间：
2009-07
期刊：
影响因子：
4.8
通讯作者：
Odom, Duncan T.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Schmidt, Dominic;Wilson, Michael D.;Spyrou, Christiana;Brown, Gordon D.;Hadfield, James;Odom, Duncan T.
染色质免疫沉淀(CHIP)可以分离特定的蛋白质-DNA相互作用。将芯片与高通量测序相结合，可以揭示参与这些相互作用的DNA序列。在这里，我们描述如何进行芯片序列，从整个组织或细胞系开始，以数百万个可以与被研究物种的参考基因组比对的短测序标签结束。我们还概述了为CHIP-SEQ恢复芯片库的附加程序，并讨论了数据分析中的当代问题。
Chromatin immunoprecipitation (ChIP) allows specific protein-DNA interactions to be isolated. Combining ChIP with high-throughput sequencing reveals the DNA sequence involved in these interactions. Here, we describe how to perform ChIP-seq starting with whole tissues or cell lines, and ending with millions of short sequencing tags that can be aligned to the reference genome of the species under investigation. We also outline additional procedures to recover ChIP-chip libraries for ChIP-seq and discuss contemporary issues in data analysis.
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