An unusual mechanism for EF-Tu activation during tmRNA-mediated ribosome rescue.
An unusual mechanism for EF-Tu activation during tmRNA-mediated ribosome rescue.
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DOI：
10.1261/rna.042226.113
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发表时间：
2014-02
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Buskirk AR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Miller MR;Buskirk AR
当核糖体停滞在原核生物中截短的mRNAs上时，它们会被tmRNA/SmpB复合体拯救。目前还不清楚EF-Tu是如何被这个复合体激活的。这篇论文分析了这个问题，结果表明正常的EF-Tu GTP酶循环似乎不适用于这种特殊情况。在细菌中，停滞在被截短的mRNAs上的核糖体可以被转移信使RNA(TmRNA)及其蛋白伴侣SmpB拯救。与tRNA类似，氨基酰-tmRNA/SmpB复合体由EF-Tu传递到核糖体A位，接受新生多肽的转移。尽管解码中心内的SmpB结合对于tmRNA进入核糖体是至关重要的，但在没有密码子-反密码子相互作用的情况下，EF-Tu的激活是如何发生的尚不清楚。最近的晶体结构显示，SmpB残基His136堆叠在16S rRNA核苷酸G530上，G530是规范解码机制中的关键角色。在这里，我们使用预稳态动力学方法来探索这种相互作用在核糖体拯救中的作用。我们发现，虽然His136的突变并没有降低SmpB对核糖体A位点的亲和力，但它显著降低了EF-Tu对GTP的水解率。令人惊讶的是，相同的突变对多肽键的表观形成速度几乎没有影响，这表明EF-Tu从核糖体上的tmRNA/SmpB复合体中释放出来可能发生在GTP水解之前。与这一观点一致的是，我们发现肽转移到tmRNA对抗生素克洛霉素相对不敏感。综上所述，我们的研究为tmRNA挽救核糖体的初始阶段提供了一个模型。
When ribosomes are stalled on truncated mRNAs in prokaryotes, they are rescued by the tmRNA/SmpB complex. It has been unclear how EF-Tu is activated by this complex. This manuscript analyzes this problem, and the results indicate that the normal EF-Tu GTPase cycle does not appear to apply in this specialized situation. In bacteria, ribosomes stalled on truncated mRNAs are rescued by transfer-messenger RNA (tmRNA) and its protein partner SmpB. Acting like tRNA, the aminoacyl-tmRNA/SmpB complex is delivered to the ribosomal A site by EF-Tu and accepts the transfer of the nascent polypeptide. Although SmpB binding within the decoding center is clearly critical for licensing tmRNA entry into the ribosome, it is not known how activation of EF-Tu occurs in the absence of a codon–anticodon interaction. A recent crystal structure revealed that SmpB residue His136 stacks on 16S rRNA nucleotide G530, a critical player in the canonical decoding mechanism. Here we use pre-steady-state kinetic methods to probe the role of this interaction in ribosome rescue. We find that although mutation of His136 does not reduce SmpB's affinity for the ribosomal A-site, it dramatically reduces the rate of GTP hydrolysis by EF-Tu. Surprisingly, the same mutation has little effect on the apparent rate of peptide-bond formation, suggesting that release of EF-Tu from the tmRNA/SmpB complex on the ribosome may occur prior to GTP hydrolysis. Consistent with this idea, we find that peptidyl transfer to tmRNA is relatively insensitive to the antibiotic kirromycin. Taken together, our studies provide a model for the initial stages of ribosomal rescue by tmRNA.
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DOI：
10.1126/science.1217039
发表时间：
2012-03-16
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Neubauer C;Gillet R;Kelley AC;Ramakrishnan V
通讯作者：
Ramakrishnan V
影响因子：
56.9
作者：
Ogle, JM;Brodersen, DE;Ramakrishnan, V
通讯作者：
Ramakrishnan, V
影响因子：
4.8
作者：
Rodnina, MV;Pape, T;Wintermeyer, W
通讯作者：
Wintermeyer, W
DOI：
10.1073/pnas.1302816110
发表时间：
2013-06-18
影响因子：
11.1
作者：
Ramadoss, Nitya S.;Alumasa, John N.;Keiler, Kenneth C.
通讯作者：
Keiler, Kenneth C.
DOI：
10.1016/b978-0-12-386497-0.00005-0
发表时间：
2012
影响因子：
--
作者：
Janssen, Brian D.;Hayes, Christopher S.
通讯作者：
Hayes, Christopher S.