Assessment of brain reference genes for RT-qPCR studies in neurodegenerative diseases.
Assessment of brain reference genes for RT-qPCR studies in neurodegenerative diseases.
复制标题
DOI：
10.1038/srep37116
复制
发表时间：
2016-11-17
影响因子：
4.6
通讯作者：
Brudek T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Rydbirk R;Folke J;Winge K;Aznar S;Pakkenberg B;Brudek T
多年来，通过逆转录定量实时 PCR (RT-qPCR) 评估基因表达水平一直是发现疾病相关改变的最受欢迎的方法。将结果标准化为稳定表达的参考基因 (RG) 对于获得可靠的结果至关重要。这对于神经退行性疾病尤其重要，其中疾病相关的结构变化可能会影响最常用的 RG。我们分析了来自阿尔茨海默病 (AD)、帕金森病 (PD)、多系统萎缩症和进行性核上性麻痹患者两个大脑区域的 98 个大脑样本中的 15 个候选 RG。使用 RefFinder（一种用于评估 RG 稳定性的网络工具），我们确定了最稳定的 RG 为 UBE2D2、CYC1 和 RPL13，我们建议将其用于未来对这些患者的人脑组织进行 RT-qPCR 研究。所研究的基因均不受 RIN、PMI 或年龄等实验变量的影响。通过对已知受 AD 和 PD 影响的目标基因 GSK3B 的表达分析进一步验证了研究结果。当使用不同组的常见 RG 对比结果时，我们发现 GSK3B 水平存在很大差异，这强调了 RG 的先验验证对于 RT-qPCR 研究的重要性。
Evaluation of gene expression levels by reverse transcription quantitative real-time PCR (RT-qPCR) has for many years been the favourite approach for discovering disease-associated alterations. Normalization of results to stably expressed reference genes (RGs) is pivotal to obtain reliable results. This is especially important in relation to neurodegenerative diseases where disease-related structural changes may affect the most commonly used RGs. We analysed 15 candidate RGs in 98 brain samples from two brain regions from Alzheimer’s disease (AD), Parkinson’s disease (PD), Multiple System Atrophy, and Progressive Supranuclear Palsy patients. Using RefFinder, a web-based tool for evaluating RG stability, we identified the most stable RGs to be UBE2D2, CYC1, and RPL13 which we recommend for future RT-qPCR studies on human brain tissue from these patients. None of the investigated genes were affected by experimental variables such as RIN, PMI, or age. Findings were further validated by expression analyses of a target gene GSK3B, known to be affected by AD and PD. We obtained high variations in GSK3B levels when contrasting the results using different sets of common RG underlining the importance of a priori validation of RGs for RT-qPCR studies.
登录
查看更多内容
使用定量 PCR 鉴定和验证斜纹夜蛾（鳞翅目：夜蛾科）基因表达分析的参考基因
影响因子：
3.7
作者：
Lu Y;Yuan M;Gao X;Kang T;Zhan S;Wan H;Li J
通讯作者：
Li J
影响因子：
2.4
作者：
Cavalcanti, M. C. O.;Failling, K.;Steger, K.
通讯作者：
Steger, K.
鉴定乳腺癌中实时RT-PCR数据归一化的基因。
影响因子：
3.8
作者：
Lyng MB;Laenkholm AV;Pallisgaard N;Ditzel HJ
通讯作者：
Ditzel HJ
人类基因表达的组织特异性的综合功能分析。
影响因子：
5.4
作者：
Dezso Z;Nikolsky Y;Sviridov E;Shi W;Serebriyskaya T;Dosymbekov D;Bugrim A;Rakhmatulin E;Brennan RJ;Guryanov A;Li K;Blake J;Samaha RR;Nikolskaya T
通讯作者：
Nikolskaya T
影响因子：
3
作者：
Leduc, Valerie;Legault, Veronique;Poirier, Judes
通讯作者：
Poirier, Judes