Mechanistic signatures of HPV insertions in cervical carcinomas.
Mechanistic signatures of HPV insertions in cervical carcinomas.
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DOI：
10.1038/npjgenmed.2016.4
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发表时间：
2016
影响因子：
5.3
通讯作者：
Nicolas A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Holmes A;Lameiras S;Jeannot E;Marie Y;Castera L;Sastre-Garau X;Nicolas A
为了确定新的个人生物标志物，以改善人类乳头瘤病毒(HPV)相关癌症的诊断、预后和生物随访，我们开发了一种通用的、全面的捕获HPV方法，并随后进行了下一代测序(NGS)。从活检或循环DNA样本开始，这种捕获-NGS方法可以快速识别HPV基因型、HPV状态(整合、异体或缺失)、病毒与宿主的DNA连接以及相关的基因组重排。这项对72例宫颈癌的分析确定了五种HPV特征。前两个特征包含两个杂交的染色体-HPV连接，其方向是共线性(2J-Col)或非线性(2J-NL)，分别揭示了与染色体缺失或扩增事件相关的两种病毒整合模式。第三个和第四个签名显示3-12个杂交连接，要么聚集在一个座位上(MJ-CL)，要么分散在不同的座位上(MJ-SC)，而第五个签名由异体HPV基因组(EPI)组成。HPV特征与临床和病毒学数据之间的交叉分析显示，关于HPV基因型、患者年龄和疾病转归，存在意想不到的偏见，这表明这一新分类的功能相关性(S)。总体而言，我们的发现为任何HPV相关癌的分子检测和最终的个性化序列信息建立了一种简便和全面的合理方法，以开发针对每个患者的敏感和特定的生物标记物。
To identify new personal biomarkers for the improved diagnosis, prognosis and biological follow-up of human papillomavirus (HPV)-associated carcinomas, we developed a generic and comprehensive Capture-HPV method followed by Next Generation Sequencing (NGS). Starting from biopsies or circulating DNA samples, this Capture-NGS approach rapidly identifies the HPV genotype, HPV status (integrated, episomal or absence), the viral-host DNA junctions and the associated genome rearrangements. This analysis of 72 cervical carcinomas identified five HPV signatures. The first two signatures contain two hybrid chromosomal–HPV junctions whose orientations are co-linear (2J-COL) or non-linear (2J-NL), revealing two modes of viral integration associated with chromosomal deletion or amplification events, respectively. The third and fourth signatures exhibit 3–12 hybrid junctions, either clustered in one locus (MJ-CL) or scattered at distinct loci (MJ-SC) while the fifth signature consists of episomal HPV genomes (EPI). Cross analyses between the HPV signatures and the clinical and virological data reveal unexpected biased representation with respect to the HPV genotype, patient age and disease outcome, suggesting functional relevance(s) of this new classification. Overall, our findings establish a facile and comprehensive rational approach for the molecular detection of any HPV-associated carcinoma and definitive personalised sequence information to develop sensitive and specific biomarkers for each patient.
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