RANKPROP: a web server for protein remote homology detection.
RANKPROP: a web server for protein remote homology detection.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btn567
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发表时间：
2009-01-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Noble WS
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Melvin I;Weston J;Leslie C;Noble WS
摘要：我们提出了Rankprop蛋白质同源排名算法的大规模实现，其形式是可开放访问的Web服务器。我们使用包含110万个蛋白质的NRDB40 PSI-BLAST全对全蛋白质相似性网络来构建Rankprop算法的图表，而以前，结果仅针对包含108000个蛋白质的数据库报道。我们还描述了对原始算法的两个算法改进，包括从查询的多个同源传播和更好地归一化排名分数，这导致了更高的准确率和以概率解释的分数。提供：Rankprop网络服务器和源代码可从http://rankprop.gs.washington.edu获取联系方式：iain@nec-Labs.com；noble@gs.washington.edu
Summary: We present a large-scale implementation of the Rankprop protein homology ranking algorithm in the form of an openly accessible web server. We use the NRDB40 PSI-BLAST all-versus-all protein similarity network of 1.1 million proteins to construct the graph for the Rankprop algorithm, whereas previously, results were only reported for a database of 108 000 proteins. We also describe two algorithmic improvements to the original algorithm, including propagation from multiple homologs of the query and better normalization of ranking scores, that lead to higher accuracy and to scores with a probabilistic interpretation. Availability: The Rankprop web server and source code are available at http://rankprop.gs.washington.edu Contact: iain@nec-labs.com; noble@gs.washington.edu
DOI：
10.1073/pnas.0308067101
发表时间：
2004-04-27
影响因子：
11.1
作者：
Weston, J;Elisseeff, A;Noble, WS
通讯作者：
Noble, WS
影响因子：
14.9
作者：
Heger A;Korpelainen E;Hupponen T;Mattila K;Ollikainen V;Holm L
通讯作者：
Holm L