PairsDB atlas of protein sequence space.
PairsDB atlas of protein sequence space.
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DOI：
10.1093/nar/gkm879
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发表时间：
2008-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Holm L
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Heger A;Korpelainen E;Hupponen T;Mattila K;Ollikainen V;Holm L
序列相似性/数据库搜索是分子生物学的基石。PairsDB是一个数据库，旨在快速轻松地探索蛋白质序列及其相似性关系。PairsDB背后是蛋白质序列的全面集合，以及它们之间的BLAST和PSI-BLAST比对。不是对每个请求单独运行BLAST或PSI-BLAST，而是从预计算对齐的数据库中即时检索结果。过滤选项使您可以找到一组满足一组标准的序列-例如，所有具有已解决结构且没有跨膜片段的人类蛋白质。PairsDB不断更新，涵盖UniProt中的所有序列。数据存储在MySQL关系数据库中。数据文件将在ftp://nic.funet.fi/pub/sci/molbio.上提供下载还可以通过http://pairsdb.csc.fi.以交互方式访问PairsDBPairsDB数据是构建各种下游自动化分析管道的有价值的平台。例如，All-Against-All相似性关系图是聚类蛋白质家族、描绘结构域、通过一致性测量提高比对准确性以及定义同源基因的起点。此外，查询锚定的堆叠序列比对、轮廓和共有序列在序列保守模式的研究中是有用的，以寻找关于可能的功能位点的线索。
Sequence similarity/database searching is a cornerstone of molecular biology. PairsDB is a database intended to make exploring protein sequences and their similarity relationships quick and easy. Behind PairsDB is a comprehensive collection of protein sequences and BLAST and PSI-BLAST alignments between them. Instead of running BLAST or PSI-BLAST individually on each request, results are retrieved instantaneously from a database of pre-computed alignments. Filtering options allow you to find a set of sequences satisfying a set of criteria—for example, all human proteins with solved structure and without transmembrane segments. PairsDB is continually updated and covers all sequences in Uniprot. The data is stored in a MySQL relational database. Data files will be made available for download at ftp://nic.funet.fi/pub/sci/molbio. PairsDB can also be accessed interactively at http://pairsdb.csc.fi. PairsDB data is a valuable platform to build various downstream automated analysis pipelines. For example, the graph of all-against-all similarity relationships is the starting point for clustering protein families, delineating domains, improving alignment accuracy by consistency measures, and defining orthologous genes. Moreover, query-anchored stacked sequence alignments, profiles and consensus sequences are useful in studies of sequence conservation patterns for clues about possible functional sites.
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