Causes and consequences of genome expansion in fungi.
Causes and consequences of genome expansion in fungi.
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DOI：
10.1093/gbe/evr124
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发表时间：
2012
影响因子：
3.3
通讯作者：
Ochman H
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kelkar YD;Ochman H
真菌在基因组大小和复杂性方面表现出很大的多样性，这种变异通常被认为是适应性的。但是，由于非适应性过程也可能对基因组的特征产生重要影响，我们使用遗传漂变的多个指标研究了子囊菌门中遗传漂变和基因组大小的关系。我们检测到真菌的遗传漂变和基因组大小之间的复杂关系：遗传漂变与广泛的进化时间尺度上的基因组扩增相关，如对其他真核生物的假设;但在较小的时间尺度上的亚门内，观察到相反的趋势。此外，真菌和细菌表现出类似的基因组降解模式，与遗传漂变的初始效应有关。我们的结论是，子囊菌门内的基因组大小的变化发生了使用两种不同的路线：大规模的基因组扩增催化增加漂移的突变风险模型预测的基因组进化和小规模的基因组大小的修改是独立的漂移。
Fungi display a large diversity in genome size and complexity, variation that is often considered to be adaptive. But because nonadaptive processes can also have important consequences on the features of genomes, we investigated the relationship of genetic drift and genome size in the phylum Ascomycota using multiple indicators of genetic drift. We detected a complex relationship between genetic drift and genome size in fungi: genetic drift is associated with genome expansion on broad evolutionary timescales, as hypothesized for other eukaryotes; but within subphyla over smaller timescales, the opposite trend is observed. Moreover, fungi and bacteria display similar patterns of genome degradation that are associated with initial effects of genetic drift. We conclude that changes in genome size within Ascomycota have occurred using two different routes: large-scale genome expansions are catalyzed by increasing drift as predicted by the mutation-hazard model of genome evolution and small-scale modifications in genome size are independent of drift.
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