Splicing QTL of human adipose-related traits.
Splicing QTL of human adipose-related traits.
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DOI：
10.1038/s41598-017-18767-z
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发表时间：
2018-01-10
影响因子：
4.6
通讯作者：
Zhao Z
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ma L;Jia P;Zhao Z
最近，全基因组关联研究 (GWAS) 确定了不同人群中与脂肪相关性状相关的 11 个基因座。然而，它们的功能作用仍然很大程度上未知。在本研究中，我们旨在以组织特异性方式探索这些 GWAS 信号的剪接调节。对于脂肪相关的 GWAS 信号，我们选择了样本量大于 80 的 6 个脂肪相关组织（皮下脂肪、胫动脉、血液、心脏左心室、肌肉骨骼和甲状腺），使用 GTEx 发布的数据集进行剪接数量性状位点（QTL）分析。我们整合了九个脂肪相关性状的 GWAS 摘要统计（每个 GWAS 平均有 260 万个 SNP），以及来自 6 个 GTEx 组织的剪接 QTL，平均有 337,900 个剪接 QTL SNP，以及 684,859 个连接点。我们的过滤过程为每个组织平均生成 86,549 个 SNP 和 162,841 个外显子-外显子链接（连接点）。四个基因（AKTIP、DTNBP1、FTO 和 UBE2E1）中总共有 7 个外显子-外显子连接被发现与四个 SNP 显着相关，这四个 SNP 对身体脂肪分布表现出全基因组显着性（rs17817288、rs7206790、rs11710420 和 rs2237199）。这些剪接事件可能有助于异位脂肪调节的因果效应，这需要进一步的实验验证。
Recently, genome-wide association studies (GWAS) have identified 11 loci associated with adipose-related traits across different populations. However, their functional roles still remain largely unknown. In this study, we aimed to explore the splicing regulation of these GWAS signals in a tissue-specific fashion. For adipose-related GWAS signals, we selected six adipose-related tissues (adipose subcutaneous, artery tibial, blood, heart left ventricle, muscle-skeletal, and thyroid) with the sample size greater than 80 for splicing quantitative trait loci (QTL) analysis using GTEx released datasets. We integrated GWAS summary statistics of nine adipose-related traits (an average of 2.6 million SNPs per GWAS), and splicing QTLs from 6 GTEx tissues with an average of 337,900 splicing QTL SNPs, and 684,859 junctions. Our filtering process generated an average of 86,549 SNPs and 162,841 exon-exon links (junctions) for each tissue. A total of seven exon-exon junctions in four genes (AKTIP, DTNBP1, FTO and UBE2E1) were found to be significantly associated with four SNPs that showed genome-wide significance with body fat distribution (rs17817288, rs7206790, rs11710420 and rs2237199). These splicing events might contribute to the causal effect on the regulation of ectopic-fat, which warrants further experimental validation.
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影响因子：
--
作者：
Kaklamani V;Yi N;Sadim M;Siziopikou K;Zhang K;Xu Y;Tofilon S;Agarwal S;Pasche B;Mantzoros C
通讯作者：
Mantzoros C
影响因子：
40.5
作者：
Loos, Ruth J. F.;Yeo, Giles S. H.
通讯作者：
Yeo, Giles S. H.
影响因子：
64.5
作者：
Braunschweig U;Gueroussov S;Plocik AM;Graveley BR;Blencowe BJ
通讯作者：
Blencowe BJ
DOI：
10.1126/science.1262110
发表时间：
2015-05-08
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
GTEx Consortium
通讯作者：
GTEx Consortium
DOI：
10.1590/s0100-879x2012007500134
发表时间：
2012-12
期刊：
Brazilian journal of medical and biological research = Revista brasileira de pesquisas medicas e biologicas
影响因子：
--
作者：
Apalasamy YD;Ming MF;Rampal S;Bulgiba A;Mohamed Z
通讯作者：
Mohamed Z