SAVER: gene expression recovery for single-cell RNA sequencing.
SAVER: gene expression recovery for single-cell RNA sequencing.
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SAVER：单细胞RNA测序的基因表达恢复
DOI：
10.1038/s41592-018-0033-z
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发表时间：
2018-07
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Zhang NR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Huang M;Wang J;Torre E;Dueck H;Shaffer S;Bonasio R;Murray JI;Raj A;Li M;Zhang NR
在单细胞RNA测序（scRNA-seq）研究中，每个细胞中只有一小部分转录本被测序。这导致低表达和中等表达基因的不可靠定量，这阻碍了下游分析。为了应对这一挑战，我们引入了SAVER（Single-cell Analysis Via Expression Recovery），这是一种基于UMI的scRNA-seq数据的表达恢复方法，可以跨基因和细胞借用信息，以获得所有基因的准确表达估计。
In single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) studies, only a small fraction of the transcripts present in each cell are sequenced. This leads to unreliable quantification of lowly and moderately expressed genes which hinders downstream analysis. To address this challenge, we introduce SAVER (Single-cell Analysis Via Expression Recovery), an expression recovery method for UMI-based scRNA-seq data that borrows information across genes and cells to obtain accurate expression estimates for all genes.
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