Specificity of DNA microarray hybridization: characterization, effectors and approaches for data correction.
Specificity of DNA microarray hybridization: characterization, effectors and approaches for data correction.
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DOI：
10.1093/nar/gkn087
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发表时间：
2008-04
影响因子：
14.9
通讯作者：
Weingarten-Baror C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Koltai H;Weingarten-Baror C
芯片杂交特异性是影响芯片结果质量的主要因素之一。在本综述中，我们提出了一个定义的特异性，跨越四个杂交水平，从单探针的微阵列平台。为了增加杂交特异性，重要的是定量这些水平中的每一个的特异性程度，并相应地校正数据。我们概述了低杂交特异性对所得结果的可能影响，并列出了杂交特异性的可能效应物。此外，我们还讨论了一些研究中，理论方法，经验手段或数据过滤，以确定特异性效应，并增加杂交结果的特异性。然而，这些不同的方法可能还没有提供一个最终的解决方案，而是需要进一步的工具开发，以提高微阵列杂交的特异性。
Microarray-hybridization specificity is one of the main effectors of microarray result quality. In the present review, we suggest a definition for specificity that spans four hybridization levels, from the single probe to the microarray platform. For increased hybridization specificity, it is important to quantify the extent of the specificity at each of these levels, and correct the data accordingly. We outline possible effects of low hybridization specificity on the obtained results and list possible effectors of hybridization specificity. In addition, we discuss several studies in which theoretical approaches, empirical means or data filtration were used to identify specificity effectors, and increase the specificity of the hybridization results. However, these various approaches may not yet provide an ultimate solution; rather, further tool development is needed to enhance microarray-hybridization specificity.
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