FlyORF-TaDa allows rapid generation of new lines for in vivo cell-type-specific profiling of protein-DNA interactions in Drosophila melanogaster.
FlyORF-TaDa allows rapid generation of new lines for in vivo cell-type-specific profiling of protein-DNA interactions in Drosophila melanogaster.
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DOI：
10.1093/g3journal/jkaa005
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发表时间：
2021-01-18
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Marshall OJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Aughey GN;Delandre C;McMullen JPD;Southall TD;Marshall OJ
靶向DamID（TaDa）是一种越来越流行的在体内产生细胞类型特异性DNA结合谱的方法。尽管TaDa敏感且用途广泛，但它需要为所分析的每种蛋白质产生新的转基因飞系，这既耗时又昂贵。在这里，我们描述了FlyORF-TaDa系统，用于通过遗传杂交将现有的诱导型开放阅读框（ORF）的FlyORF文库转化为TaDa系，重组后代容易通过眼睛颜色识别。使用FlyORF-TaDa和常规TaDa分析H3 K36 me 3相关染色质蛋白MRG 15在幼虫神经干细胞中的结合表明，使用该系统产生的新系提供了准确且高度可重复的DamID结合谱。我们的数据进一步表明，MRG 15结合到体内活性染色质结构域的子集。得益于FlyORF文库的大覆盖率，FlyORF-TaDa系统可以轻松创建果蝇基因组中74%的所有转录因子和染色质修饰蛋白的TaDa系。
Targeted DamID (TaDa) is an increasingly popular method of generating cell-type-specific DNA-binding profiles in vivo. Although sensitive and versatile, TaDa requires the generation of new transgenic fly lines for every protein that is profiled, which is both time-consuming and costly. Here, we describe the FlyORF-TaDa system for converting an existing FlyORF library of inducible open reading frames (ORFs) to TaDa lines via a genetic cross, with recombinant progeny easily identifiable by eye color. Profiling the binding of the H3K36me3-associated chromatin protein MRG15 in larval neural stem cells using both FlyORF-TaDa and conventional TaDa demonstrates that new lines generated using this system provide accurate and highly reproducible DamID-binding profiles. Our data further show that MRG15 binds to a subset of active chromatin domains in vivo. Courtesy of the large coverage of the FlyORF library, the FlyORF-TaDa system enables the easy creation of TaDa lines for 74% of all transcription factors and chromatin-modifying proteins within the Drosophila genome.
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10.1093/bioinformatics/btv386
发表时间：
2015-10-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Marshall OJ;Brand AH
通讯作者：
Brand AH