Accurate detection of chemical modifications in RNA by mutational profiling (MaP) with ShapeMapper 2.
Accurate detection of chemical modifications in RNA by mutational profiling (MaP) with ShapeMapper 2.
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DOI：
10.1261/rna.061945.117
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发表时间：
2018-03
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Weeks KM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Busan S;Weeks KM
突变分析 (MaP) 能够检测逆转录 (RT) 过程中序列变化时 RNA 化学修饰位点，随后通过大规模并行测序读出。我们推出了 ShapeMapper 2，它集成了对所有类别的加合物引起的序列变化、序列变异校正、碱基检出质量过滤器和质量控制警告的仔细处理，现在可以像通过仔细手动分析电泳数据（之前的最高准确度标准）一样准确地识别 RNA 加合物位点。 MaP 和 ShapeMapper 2 提供了一种稳健、实验简洁且准确的方法来读取核酸化学探测实验。
Mutational profiling (MaP) enables detection of sites of chemical modification in RNA as sequence changes during reverse transcription (RT), subsequently read out by massively parallel sequencing. We introduce ShapeMapper 2, which integrates careful handling of all classes of adduct-induced sequence changes, sequence variant correction, basecall quality filters, and quality-control warnings to now identify RNA adduct sites as accurately as achieved by careful manual analysis of electrophoresis data, the prior highest-accuracy standard. MaP and ShapeMapper 2 provide a robust, experimentally concise, and accurate approach for reading out nucleic acid chemical probing experiments.
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影响因子：
48
作者：
Langmead, Ben;Salzberg, Steven L.
通讯作者：
Salzberg, Steven L.
DOI：
10.1261/rna.058586.116
发表时间：
2017-01
期刊：
RNA (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Krokhotin A;Mustoe AM;Weeks KM;Dokholyan NV
通讯作者：
Dokholyan NV
影响因子：
2.9
作者：
Larman BC;Dethoff EA;Weeks KM
通讯作者：
Weeks KM
DOI：
10.1261/rna.047068.114
发表时间：
2015-05
期刊：
RNA (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Poulsen LD;Kielpinski LJ;Salama SR;Krogh A;Vinther J
通讯作者：
Vinther J
影响因子：
14.8
作者：
Smola MJ;Rice GM;Busan S;Siegfried NA;Weeks KM
通讯作者：
Weeks KM