Direct identification of base-paired RNA nucleotides by correlated chemical probing.
Direct identification of base-paired RNA nucleotides by correlated chemical probing.
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DOI：
10.1261/rna.058586.116
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发表时间：
2017-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Dokholyan NV
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Krokhotin A;Mustoe AM;Weeks KM;Dokholyan NV
许多RNA分子折叠成复杂的二级和三级结构，在生物功能中起着关键作用。其中最成熟的检测RNA结构的方法是化学探测实验，它可以以简洁和可扩展的方式报告局部核苷酸结构。虽然探测数据对于推断整体RNA二级结构非常有用，但这些数据并不能直接测量通过空间碱基配对的相互作用。我们最近介绍了一种用硫酸二甲酯（DMS）进行单分子相关化学探测的方法，该方法通过突变谱（RING-MaP）测量RNA相互作用基团。RING-MaP实验揭示了二级和三级结构对应的不同空间相互作用。在这里，我们开发了一个使用RING-MaP数据来直接和健壮地识别RNA中的规范碱基对的框架。当应用于三个代表性rna时，该框架识别出20%-50%的可接受碱基对，错误发现率<10%，允许检测88%包含四个或更多碱基对的双工，包括假结对。我们进一步表明，从RING-MaP分析中确定的碱基对显著改善了二级结构建模。基于ring - map的相关化学探测代表了一种直接，实验简洁，准确的检测单个碱基对和螺旋的方法，并且应该极大地促进复杂rna的结构建模。
Many RNA molecules fold into complex secondary and tertiary structures that play critical roles in biological function. Among the best-established methods for examining RNA structure are chemical probing experiments, which can report on local nucleotide structure in a concise and extensible manner. While probing data are highly useful for inferring overall RNA secondary structure, these data do not directly measure through-space base-pairing interactions. We recently introduced an approach for single-molecule correlated chemical probing with dimethyl sulfate (DMS) that measures RNA interaction groups by mutational profiling (RING-MaP). RING-MaP experiments reveal diverse through-space interactions corresponding to both secondary and tertiary structure. Here we develop a framework for using RING-MaP data to directly and robustly identify canonical base pairs in RNA. When applied to three representative RNAs, this framework identified 20%–50% of accepted base pairs with a <10% false discovery rate, allowing detection of 88% of duplexes containing four or more base pairs, including pseudoknotted pairs. We further show that base pairs determined from RING-MaP analysis significantly improve secondary structure modeling. RING-MaP-based correlated chemical probing represents a direct, experimentally concise, and accurate approach for detection of individual base pairs and helices and should greatly facilitate structure modeling for complex RNAs.
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影响因子：
4.1
作者：
Magnus M;Matelska D;Lach G;Chojnowski G;Boniecki MJ;Purta E;Dawson W;Dunin-Horkawicz S;Bujnicki JM
通讯作者：
Bujnicki JM
DOI：
10.1261/rna.043323.113
发表时间：
2014-06
期刊：
RNA (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Rice GM;Leonard CW;Weeks KM
通讯作者：
Weeks KM
影响因子：
21.8
作者：
通讯作者：
--
DOI：
10.1073/pnas.171319598
发表时间：
2001-08-28
影响因子：
11.1
作者：
Bayfield, MA;Dahlberg, AE;Barta, A
通讯作者：
Barta, A
影响因子：
2.9
作者：
Kladwang, Wipapat;Das, Rhiju
通讯作者：
Das, Rhiju