High-throughput mapping of regulatory DNA.
High-throughput mapping of regulatory DNA.
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DOI：
10.1038/nbt.3468
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发表时间：
2016-02
影响因子：
46.9
通讯作者：
Sherwood, Richard I.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Rajagopal, Nisha;Srinivasan, Sharanya;Kooshesh, Kameron;Guo, Yuchun;Edwards, Matthew D.;Banerjee, Budhaditya;Syed, Tahin;Emons, Bart J. M.;Gifford, David K.;Sherwood, Richard I.
量化顺式调控DNA对基因表达的影响是一个重大挑战。在这里，我们提出了多重编辑调控试验（MERA）；一种基于高通量CRISPR/ cas9的方法，分析调节基因组在其原生环境中的功能影响。MERA在约40kb的顺式调控基因组空间中排列数千个突变，并使用敲入绿色荧光蛋白（GFP）报告器读取基因活性。利用这种方法，我们获得了顺式调控区域对基因表达贡献的定量信息。我们确定了四个胚胎干细胞特异性基因表达所需的近端和远端调控元件。我们展示了邻近基因启动子对基因表达的一致贡献，并鉴定了控制基因表达但不具有典型增强子表观遗传或染色质特征的未标记调控元件（UREs）。我们在基因组位置比较了数千个功能性和非功能性基因型，并确定了调控元件的碱基对分辨率功能基序。
Quantifying the effects of cis-regulatory DNA on gene expression is a major challenge. Here, we present the multiplexed editing regulatory assay (MERA); a high-throughput CRISPR/Cas9-based approach that analyzes the functional impact of the regulatory genome in its native context. MERA tiles thousands of mutations across ~40 kb of cis-regulatory genomic space and uses knock-in green fluorescent protein (GFP) reporters to read out gene activity. Using this approach, we obtain quantitative information on the contribution of cis-regulatory regions to gene expression. We identify proximal and distal regulatory elements necessary for expression of four embryonic stem cell-specific genes. We show a consistent contribution of neighboring gene promoters to gene expression and identify unmarked regulatory elements (UREs) that control gene expression but do not have typical enhancer epigenetic or chromatin features. We compare thousands of functional and non-functional genotypes at a genomic location and identify the basepair-resolution functional motifs of regulatory elements.
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影响因子：
64.8
作者：
Heintzman, Nathaniel D.;Hon, Gary C.;Hawkins, R. David;Kheradpour, Pouya;Stark, Alexander;Harp, Lindsey F.;Ye, Zhen;Lee, Leonard K.;Stuart, Rhona K.;Ching, Christina W.;Ching, Keith A.;Antosiewicz-Bourget, Jessica E.;Liu, Hui;Zhang, Xinmin;Green, Roland D.;Lobanenkov, Victor V.;Stewart, Ron;Thomson, James A.;Crawford, Gregory E.;Kellis, Manolis;Ren, Bing
通讯作者：
Ren, Bing
影响因子：
7
作者：
Kwasnieski JC;Fiore C;Chaudhari HG;Cohen BA
通讯作者：
Cohen BA
影响因子：
4.3
作者：
Rajagopal N;Xie W;Li Y;Wagner U;Wang W;Stamatoyannopoulos J;Ernst J;Kellis M;Ren B
通讯作者：
Ren B
影响因子：
56.9
作者：
Jinek, Martin;Chylinski, Krzysztof;Charpentier, Emmanuelle
通讯作者：
Charpentier, Emmanuelle
影响因子：
30.8
作者：
John S;Sabo PJ;Thurman RE;Sung MH;Biddie SC;Johnson TA;Hager GL;Stamatoyannopoulos JA
通讯作者：
Stamatoyannopoulos JA