Histone modifications at human enhancers reflect global cell-type-specific gene expression.
Histone modifications at human enhancers reflect global cell-type-specific gene expression.
复制标题
DOI：
10.1038/nature07829
复制
发表时间：
2009-05-07
期刊：
影响因子：
64.8
通讯作者：
Ren, Bing
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Heintzman, Nathaniel D.;Hon, Gary C.;Hawkins, R. David;Kheradpour, Pouya;Stark, Alexander;Harp, Lindsey F.;Ye, Zhen;Lee, Leonard K.;Stuart, Rhona K.;Ching, Christina W.;Ching, Keith A.;Antosiewicz-Bourget, Jessica E.;Liu, Hui;Zhang, Xinmin;Green, Roland D.;Lobanenkov, Victor V.;Stewart, Ron;Thomson, James A.;Crawford, Gregory E.;Kellis, Manolis;Ren, Bing
人体由不同类型的细胞组成，具有不同的功能。虽然已知谱系的指定取决于细胞特异的基因表达，而细胞特异的基因表达又由每个基因的启动子、增强子、绝缘子和其他顺式调控DNA序列驱动，但这些调控元件在这一过程中的相对作用尚不清楚。我们之前已经开发了一种基于染色质免疫沉淀的微阵列方法(芯片-芯片)来定位人类基因组中的启动子、增强子和绝缘子。在这里，我们使用相同的方法在多种细胞类型中识别这些元件，并研究它们在细胞类型特定基因表达中的作用。我们观察到，在不同的细胞类型中，启动子的染色质状态和绝缘体的CTCF结合在很大程度上是不变的。相比之下，增强子具有高度细胞类型特异性的组蛋白修饰模式，与全球范围内的细胞类型特异性基因表达程序强烈相关，并以细胞类型特异性的方式发挥作用。我们的结果定义了人类基因组中超过55,000个潜在的转录增强子，显著扩展了当前人类增强子的目录，并突出了这些元件在细胞类型特定基因表达中的作用。
The human body is composed of diverse cell types with distinct functions. While it is known that lineage specification depends on cell specific gene expression, which in turn is driven by promoters, enhancers, insulators and other cis-regulatory DNA sequences for each gene, the relative roles of these regulatory elements in this process is not clear. We have previously developed a chromatin immunoprecipitation-based microarray method (ChIP-chip) to locate promoters, enhancers, and insulators in the human genome. Here, we use the same approach to identify these elements in multiple cell types and investigated their roles in cell type-specific gene expression. We observed that chromatin state at promoters and CTCF-binding at insulators are largely invariant across diverse cell types. By contrast, enhancers are marked with highly cell type-specific histone modification patterns, strongly correlate to cell type-specific gene expression programs on a global scale, and are functionally active in a cell type-specific manner. Our results defined over 55,000 potential transcriptional enhancers in the human genome, significantly expanding the current catalog of human enhancers and highlighting the role of these elements in cell type-specific gene expression.
登录
查看更多内容
影响因子：
30.8
作者：
Carroll, Jason S.;Meyer, Clifford A.;Brown, Myles
通讯作者：
Brown, Myles
影响因子：
64.5
作者：
Kim, Tae Hoon;Abdullaev, Ziedulla K.;Ren, Bing
通讯作者：
Ren, Bing
影响因子：
7
作者：
Koch, Christoph M.;Andrews, Robert M.;Dunham, Ian
通讯作者：
Dunham, Ian
影响因子：
16
作者：
Yang, Annie;Zhu, Zhou;Struhl, Kevin
通讯作者：
Struhl, Kevin
影响因子：
12.3
作者：
Schug J;Schuller WP;Kappen C;Salbaum JM;Bucan M;Stoeckert CJ Jr
通讯作者：
Stoeckert CJ Jr