Genome-wide analysis of ETS-family DNA-binding in vitro and in vivo.
Genome-wide analysis of ETS-family DNA-binding in vitro and in vivo.
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DOI：
10.1038/emboj.2010.106
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发表时间：
2010-07-07
期刊：
影响因子：
11.4
通讯作者：
Taipale, Jussi
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wei, Gong-Hong;Badis, Gwenael;Berger, Michael F.;Kivioja, Teemu;Palin, Kimmo;Enge, Martin;Bonke, Martin;Jolma, Arttu;Varjosalo, Markku;Gehrke, Andrew R.;Yan, Jian;Talukder, Shaheynoor;Turunen, Mikko;Taipale, Mikko;Stunnenberg, Hendrik G.;Ukkonen, Esko;Hughes, Timothy R.;Bulyk, Martha L.;Taipale, Jussi
关键词：
转录因子大家族的成员具有高度相似的DNA结合结构域（DBD），但它们在生理学和肿瘤发生中具有不同的功能和活性。在这个家庭内的DNA结合偏好的一些差异已被描述，但他们还没有被系统地分析，他们的目标仍然在很大程度上是未知的贡献。我们在这里报告的所有人类和小鼠ETS因子，我们使用两种不同的方法产生的DNA结合概况：高通量微孔为基础的TF DNA结合特异性测定，和蛋白结合微阵列（PBMs）。这两种方法都揭示了ETS结合谱聚类为四个不同的类别，并且与癌症相关的所有ETS因子，ERG，ETV 1，ETV 4和FLI 1，都属于这些类别中的一个。我们确定的氨基酸残基是关键的所有类别之间的特异性差异，并确认在体内使用染色质免疫沉淀，然后测序（ChIP-seq）的每个类别的成员的特异性。结果表明，即使相对较小的差异，在体外结合特异性的TF有助于在体内的网站选择性。
Members of the large ETS family of transcription factors (TFs) have highly similar DNA-binding domains (DBDs)—yet they have diverse functions and activities in physiology and oncogenesis. Some differences in DNA-binding preferences within this family have been described, but they have not been analysed systematically, and their contributions to targeting remain largely uncharacterized. We report here the DNA-binding profiles for all human and mouse ETS factors, which we generated using two different methods: a high-throughput microwell-based TF DNA-binding specificity assay, and protein-binding microarrays (PBMs). Both approaches reveal that the ETS-binding profiles cluster into four distinct classes, and that all ETS factors linked to cancer, ERG, ETV1, ETV4 and FLI1, fall into just one of these classes. We identify amino-acid residues that are critical for the differences in specificity between all the classes, and confirm the specificities in vivo using chromatin immunoprecipitation followed by sequencing (ChIP-seq) for a member of each class. The results indicate that even relatively small differences in in vitro binding specificity of a TF contribute to site selectivity in vivo.
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影响因子：
64.5
作者：
Hallikas, O;Palin, K;Taipale, J
通讯作者：
Taipale, J
影响因子：
46.9
作者：
Berger, Michael F.;Philippakis, Anthony A.;Bulyk, Martha L.
通讯作者：
Bulyk, Martha L.
影响因子：
64.8
作者：
BRUNNER, D;DUCKER, K;KLAMBT, C
通讯作者：
KLAMBT, C
DOI：
10.1073/pnas.92.11.4917
发表时间：
1995-05-23
影响因子：
11.1
作者：
GOLUB, TR;BARKER, GF;GILLILAND, DG
通讯作者：
GILLILAND, DG
影响因子：
64.5
作者：
Berger, Michael F.;Badis, Gwenael;Hughes, Timothy R.
通讯作者：
Hughes, Timothy R.