NetWalker: a contextual network analysis tool for functional genomics.
NetWalker: a contextual network analysis tool for functional genomics.
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DOI：
10.1186/1471-2164-13-282
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发表时间：
2012-06-25
期刊：
影响因子：
4.4
通讯作者：
Ram PT
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Komurov K;Dursun S;Erdin S;Ram PT
在先验生物分子网络的背景下对基因组数据进行功能分析可以提供有价值的机械洞察力。然而，由于生物网络的复杂性，以及缺乏将其与实验数据有效结合的计算方法，这样的分析并不是一项微不足道的任务。我们开发了一个软件应用程序套件NetWalker，作为一个一站式平台，具有许多新的整体(即评估整个数据分布而不需要数据切断)数据集成和分析方法，用于基于网络的基因组规模数据的比较解释。中心分析组件NetWalk和FunWalk是基于随机游走的新颖网络分析方法，它们提供独特的分析能力来评估整个数据分布以及网络连接，以分别确定分子网络和功能网络的优先顺序，这些都是所提供的数据中最突出的。分析组件之间以及与外部应用程序(包括R)之间广泛的互操作性增加了数据分析的灵活性。在这里，我们提供了我们的微阵列基因表达数据的详细计算分析，从MCF7细胞处理致死和亚致死剂量的阿霉素。NetWalker是一个详细的分步教程，其中包含了本文中介绍的分析和手册，可在网站http://netwalkersuite.org.上找到
Functional analyses of genomic data within the context of a priori biomolecular networks can give valuable mechanistic insights. However, such analyses are not a trivial task, owing to the complexity of biological networks and lack of computational methods for their effective integration with experimental data. We developed a software application suite, NetWalker, as a one-stop platform featuring a number of novel holistic (i.e. assesses the whole data distribution without requiring data cutoffs) data integration and analysis methods for network-based comparative interpretations of genome-scale data. The central analysis components, NetWalk and FunWalk, are novel random walk-based network analysis methods that provide unique analysis capabilities to assess the entire data distributions together with network connectivity to prioritize molecular and functional networks, respectively, most highlighted in the supplied data. Extensive inter-operability between the analysis components and with external applications, including R, adds to the flexibility of data analyses. Here, we present a detailed computational analysis of our microarray gene expression data from MCF7 cells treated with lethal and sublethal doses of doxorubicin. NetWalker, a detailed step-by-step tutorial containing the analyses presented in this paper and a manual are available at the web site http://netwalkersuite.org.
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影响因子：
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作者：
Wishart DS;Knox C;Guo AC;Eisner R;Young N;Gautam B;Hau DD;Psychogios N;Dong E;Bouatra S;Mandal R;Sinelnikov I;Xia J;Jia L;Cruz JA;Lim E;Sobsey CA;Shrivastava S;Huang P;Liu P;Fang L;Peng J;Fradette R;Cheng D;Tzur D;Clements M;Lewis A;De Souza A;Zuniga A;Dawe M;Xiong Y;Clive D;Greiner R;Nazyrova A;Shaykhutdinov R;Li L;Vogel HJ;Forsythe I
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Forsythe I
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Hu Z;Mellor J;Wu J;Yamada T;Holloway D;Delisi C
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Shojaie, Ali;Michailidis, George
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Freeman, Tom C.
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作者：
Wu, Jianmin;Vallenius, Tea;Hautaniemi, Sampsa
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Hautaniemi, Sampsa