Protocol for quantifying the germination properties of individual bacterial endospores using PySpore.
Protocol for quantifying the germination properties of individual bacterial endospores using PySpore.
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使用PySpore定量单个细菌内生孢子的萌发特性的方案。
DOI：
10.1016/j.xpro.2023.102678
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发表时间：
2023-12-15
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Shen, Aimee
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ribis, John W.;Shen, Aimee
PySpore是一个Python程序，可以跟踪单个细菌内生孢子的萌发。在这里，我们提出了一个协议分割孢子和量化的个别细菌内生孢子使用PySpore的萌发特性。我们描述了使用基于GUI的工具来优化图像处理、注释数据、设置门和连接数据集以进行下游分析的步骤。然后，我们描述的程序绘图功能工具，而无需用户修改底层代码。有关本方案使用和执行的完整详细信息，请参见Ribis et al.（2023年）。自定义图像分析管道用于分析单孢子水平的萌发比以前开发的程序更准确的孢子分割用于优化图像处理、连接数据集和注释数据的工具基于GUI的工具有助于萌发数据的可视化出版商说明：进行任何实验方案都需要遵守当地机构的实验室安全和道德准则。PySpore是一个Python程序，可以跟踪单个细菌内生孢子的萌发。在这里，我们提出了一个协议分割孢子和量化的个别细菌内生孢子使用PySpore的萌发特性。我们描述了使用基于GUI的工具来优化图像处理、注释数据、设置门和连接数据集以进行下游分析的步骤。然后，我们描述的程序绘图功能工具，而无需用户修改底层代码。
PySpore is a Python program that tracks the germination of individual bacterial endospores. Here, we present a protocol for segmenting spores and quantifying the germination properties of individual bacterial endospores using PySpore. We describe steps for using GUI-based tools to optimize image processing, annotating data, setting gates, and joining datasets for downstream analyses. We then describe procedures for plotting functionality tools without the user needing to modify the underlying code. For complete details on the use and execution of this protocol, please refer to Ribis et al. (2023). Custom image analysis pipeline for analyzing germination at the single-spore level More accurate segmentation of spores than previously developed programs Tools for optimizing image processing, joining datasets, and annotating data GUI-based tools facilitate the visualization of germination data Publisher’s note: Undertaking any experimental protocol requires adherence to local institutional guidelines for laboratory safety and ethics. PySpore is a Python program that tracks the germination of individual bacterial endospores. Here, we present a protocol for segmenting spores and quantifying the germination properties of individual bacterial endospores using PySpore. We describe steps for using GUI-based tools to optimize image processing, annotating data, setting gates, and joining datasets for downstream analyses. We then describe procedures for plotting functionality tools without the user needing to modify the underlying code.
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Sorg, Joseph A.
DOI：
10.1007/978-1-4939-6361-4_10
发表时间：
2016-01-01
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CLOSTRIDIUM DIFFICILE: METHODS AND PROTOCOLS, 2ND EDITION
影响因子：
--
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Pishdadian, Keyan
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